Review of genome sampling methods in sequencing libraries preparation protocols | Metody redukcji złożoności genomu w protokołach tworzenia bibliotek do sekwencjonowania

Inglés. Since the publication of the full sequence of the Arabidopsis thaliana genome in 2000 [AGI Initiative 2000], a period of dynamic genome exploration began. In the last decade, with the revolution in the next generation sequencing, the number of scientific reports based on sequence analysis has increased exponentially. New, fast, high throughput and relatively inexpensive nucleic acid sequencing technologies have become available and widespread, opening up the possibility of making extensive use of molecular tools in science and breeding practice. These new methods include whole genome sequencing and various methods of reduced representation sequencing. The multitude of available methods, varying in terms of availability and costs, generating different types of result data, dedicated to different research and application purposes, may make it difficult to choose the best variant [Poland et al. 2012]. The aim of this paper is to familiarize the reader with the possibilities and application of selected genotyping techniques with the use of sequencing.

Polaco. Od czasu opublikowania pełnej sekwencji genomu Arabidopsis thaliana w 2000 r. [AGI Initiative 2000] rozpoczął się okres dynamicznej eksploracji genomów. W ostatniej dekadzie, wraz z rewolucją w technologii sekwencjonowania nowej generacji, lawinowo wzrosła ilość doniesień naukowych opartych na analizie sekwencji. Nowe, szybkie, wysokoprzepustowe i relatywnie tanie technologie sekwencjonowania kwasów nukleinowych stały się dostępne i powszechne, otwierając możliwość szerokiego wykorzystania narzędzi molekularnych w nauce i praktyce hodowlanej. Te nowe metody obejmują sekwencjonowanie pełnogenomowe oraz wiele metod sekwencjonowania redukowanej frakcji genomu (RRS, ang. reduced representation sequencing). Wielość dostępnych metod, zróżnicowanych pod względem przystępności i kosztów, generujących różne rodzaje danych wynikowych, dedykowanych różnym celom badawczym i aplikacyjnym, może sprawić trudność przy wyborze najlepszego wariantu [Poland et al. 2012]. Celem niniejszego opracowania jest przybliżenie czytelnikowi możliwości i zastosowania wybranych protokołów konstrukcji bibliotek do sekwencjonowania zredukowanej frakcji genomu.