Determination of infestation rate, morphological and genetic characterization of Neoscytalidium novaehollandiae in Pistachio (Pistacia vera L.) trees in Şanlıurfa province | Şanlıurfa ilinde Antepfıstığı (Pistacia vera L.) ağaçlarında Neoscytalidium novaehollandiae’nın bulaşıklık oranının belirlenmesi, morfolojik ve genetik karakterizasyonu

Neoscytalidium novaehollandiae, a new fungal disease causing cracking and sudden drying out in trunks of Pistachio (Pistacia vera L.), which is economic importance, was reported for the first time in the Southeastern Anatolia Region of Turkey. In this study, infestation rate was determined in 25 villages and 75 orchards in the Pistachio growing areas of Şanlıurfa province Karaköprü, Bozova, Birecik, Halfeti and Ceylanpınar districts. The average infestation rate of the five districts surveyed was found to be 35.88%. The rate of infestation was determined as Bozova 43.68%, Birecik 39.34%, Ceylanpınar 36.07%, Karaköprü 32.25% and Halfeti 28.07%, respectively. During the survey, samples were taken from the trunk and branches of the infected trees and isolated in PDA medium. The fungal agent was then purified, examined microscopically, and molecularly determined by PCR (Polymerase Chain Reaction) using the gene region primers of ITS (Internal Transcribed Spacer), ACT (Actin gene), LSU (Long Sub Unit) and SSU (Small Sub Unit). The genetic characterization was demonstrated and sent for sequence analysis. The resulting nucleotide sequences were registered in GenBank (accession number OL455801 for ITS and accession number OL589617 for LSU). As a result of the sequence and phylogenetic analysis, the fungal agent was verified and found to be as close to Neoscytalidium novaehollandiae with 99% to 99.9% similarity according to ITS and LSU gene region sequence data. The similarity ratio was checked for the ACT and SSU gene regions, however, since there were no records for ACT and SSU genes regions in the gene bank, therefor, no evolution was made. It has been determined that the disease agent causes serious infections mostly in old trees, however, newly developing trees could be under threat.

Ekonomik olarak önemli bir paya sahip olan Antepfıstığı (Pistacia vera L.) ağaç gövdelerinde çatlamalara ve ani kurumalara yol açan ve yeni bir fungal hastalık etmeni olan Neoscytalidium novaehollandiae, Türkiye’de ilk kez Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde rapor edilmiştir. Bu çalışmada, Şanlıurfa ili Karaköprü, Bozova, Birecik, Halfeti ve Ceylanpınar ilçelerinin Antepfıstığı yetiştiriciliği yapılan alanlarında 25 köy ve 75 bahçede survey yapılarak bölgede bulaşıklık oranı tespit edilmiştir. Survey yapılan beş ilçenin ortalama bulaşıklık oranı % 35.88 olarak bulunmuştur. Bulaşıklık oranı sırası ile Bozova % 43.68, Birecik % 39.34, Ceylanpınar % 36.07, Karaköprü % 32.25 ve Halfeti % 28.07 olarak belirlenmiştir. Survey sırasında infekteli olan ağaçların gövde ve dallarından örnekler alınmış ve PDA ortamında izolasyonlar yapılmıştır. İzolasyon sonucunda gelişen fungal etmen saflaştırılmış, mikroskobik olarak incelenmiş, moleküler olarak ITS (Internal Transcribed Spacer), ACT (Actin gene), LSU (Long Sub Unit) ve SSU (Small Sub Unit ) gen bölgesi primerleri kullanılarak PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile genetik karakterizasyonu ortaya konmuş ve sekans analizine gönderilmiştir. Elde edilen nükleotid dizileri GenBank’ta (ITS için erişim numarası: OL455801 ve LSU için erişim numarası: OL589617) kaydedilmiştir. Sekans ve filogenetik analizler sonucunda ITS ve LSU gen bölgesi dizi verilerine göre hastalığın Neoscytalidium novaehollandiae etmenine % 99 ila % 99.9 benzer olduğu tespit edilmiştir. ACT ve SSU gen bölgesi için benzerlik oranına bakılmış fakat gen bankasında bu gen bölgeleri için herhangi bir kayıt bulunmadığından ACT ve SSU gen bölgeleri ile herhangi bir değerlendirme yapılamamıştır. Hastalık etmeninin daha çok yaşlı ağaçlarda ciddi enfeksiyonlara yol açtığı belirlenmiş ancak yeni gelişen ağaçların da tehlike altında olacağı değerlendirilmiştir.