Study of the occurrence of Burkholderia pseudomallei in the Antilles-Guyane region | Étude de l'occurence de Burkholderia pseudomallei dans la région Antilles-Guyane

Inglés. Burkholderia pseudomallei is the pathogen responsible for melioidosis, an opportunistic infection. It is endemic in South Asia, Southeast Asia and northern Australia. This bacterium is capable of infecting humans and animals through inhalation, ingestion or skin contact and in 2015, the number of annual global burden of melioidosis was estimated at 165,000. Human cases of melioidosis have been reported outside known endemic areas, notably in the Antilles-Guyane region. Since 1993, twenty human cases of melioidosis have been recorded in Martinique and five in Guadeloupe. Epidemiological investigations revealed that many of these patients had no history of travel to endemic areas, suggesting local contamination. The aim of this thesis was to confirm the local establishment of B. pseudomallei in the Antilles-Guyane region, using a "One Health" approach that studies humans, animals and the environment. To this end, an exhaustive search for human cases was implemented, accompanied by serological investigations in animals and environmental surveys. At the same time, a molecular typing tool was developed to predict the geographical origin of isolated strains.A literature review and interviews with clinicians were conducted to identify human cases. Animal serological analyses were carried out using an ELISA-GLANDA kit. Two types of environmental surveys were carried out: targeted surveys in farms with seropositive animals, and random surveys in Guadeloupe and Les Saintes.The survey of human cases identified twenty cases published in the literature, plus five additional cases based on interviews with clinicians. The serological survey revealed the presence of seropositive animals in all territories, suggesting a local presence of the bacterium, with higher seroprevalence rates among equines (24%) and cattle (16%) in French Guiana, equines (9%) in Martinique and goats (39%) in Les Saintes. Targeted environmental surveys on two goat farms in Les Saintes resulted in the isolation of one strain of B. pseudomallei, while random surveys in Guadeloupe and Les Saintes revealed PCR-positive soil, confirming the local presence of the bacterium.This thesis represents the first study of this type to be carried out in the Antilles-Guyane region. The implementation of an interdisciplinary "One Health" based approach has enabled us to obtain preliminary data on the presence of B. pseudomallei in this region and represents a first step towards other initiatives. To confirm the presence of B. pseudomallei in Martinique and French Guiana, it is necessary to carry out environmental surveys on farms where seropositive animals have been identified. In addition, new research could be undertaken in Guadeloupe to more finely characterize the types of soil where the presence of B. pseudomallei has been detected, thus enriching the scientific literature. This study highlights the interest of applying the "One Health" approach to better understanding the distribution of other pathogenic environmental bacteria.

Francés. Burkholderia pseudomallei est l'agent pathogène responsable de la mélioïdose, une infection opportuniste. Elle est endémique en Asie du Sud, en Asie du Sud-Est et dans le Nord de l'Australie. En 2015, le nombre de cas annuels de mélioïdose était estimé à 165 000 dans le monde. Cette bactérie a la capacité d'infecter l'homme et les animaux par inhalation, ingestion ou contact cutané. Depuis plusieurs années, des cas humains de mélioïdose sont signalés en dehors des zones endémiques connues, notamment dans la région Antilles-Guyane. Depuis 1993, vingt cas humains de mélioïdose ont été recensés en Martinique et cinq en Guadeloupe. Des enquêtes épidémiologiques ont révélé que de nombreux patients n'avaient jamais voyagé dans des zones endémiques, suggérant une contamination locale. L'objectif de cette thèse était de confirmer l'implantation locale de B. pseudomallei dans la région Antilles-Guyane, en utilisant une approche « Une seule santé » qui étudie l'homme, l'animal et l'environnement. À cette fin, une collecte exhaustive des cas humains a été réalisée, accompagnée d'enquêtes sérologiques chez les animaux et d'enquêtes environnementales. En parallèle, un outil de typage moléculaire a été développé pour prédire la provenance géographique des souches isolées.Une revue de la littérature et des entretiens avec les cliniciens ont été menés pour recenser les cas humains. Les analyses sérologiques ont été effectuées à l'aide d'un kit ELISA-GLANDA. Deux types d'enquêtes environnementales ont été menées : des enquêtes ciblées dans les élevages présentant des animaux séropositifs et des enquêtes aléatoires en Guadeloupe et aux Saintes.Le recensement des cas humains a permis d'identifier vingt cas publiés dans la littérature, auxquels s'ajoutent cinq cas supplémentaires suite à des entretiens avec les cliniciens. L'enquête sérologique a révélé la présence d'animaux séropositifs sur tous les territoires, suggérant une présence locale de la bactérie, avec des taux de séroprévalence plus élevés chez les équins (24%) et les bovins (16%) en Guyane, chez les équins (9%) en Martinique et chez les caprins (39%) aux Saintes. Les enquêtes environnementales ciblées dans les élevages aux Saintes ont permis d'isoler une souche de B. pseudomallei, tandis que les enquêtes aléatoires en Guadeloupe et aux Saintes ont révélé des sols positifs en PCR, confirmant ainsi la présence locale de la bactérie.Cette thèse représente la première étude de ce type réalisée dans la région Antilles-Guyane. La mise en place d'une approche « Une seule santé » a permis d'obtenir des données préliminaires sur la présence de B. pseudomallei dans cette région. Ce projet constitue une première étape vers d'autres initiatives. Pour confirmer la présence de B. pseudomallei en Martinique et en Guyane, il est nécessaire de mener des enquêtes environnementales dans les élevages où des animaux séropositifs ont été identifiés. De plus, de nouvelles recherches pourraient être entreprises en Guadeloupe pour caractériser les types de sols où la présence de B. pseudomallei a été détectée, enrichissant ainsi la littérature scientifique. Cette étude souligne la possibilité d'appliquer une approche interdisciplinaire basé sur concept « Une seule santé » pour mieux comprendre la répartition d'autres bactéries environnementales pathogènes.