Genetic characterization of Mexican Pelibuey sheep using microsatellite markers | Caracterización genética de la oveja Pelibuey de México usando marcadores microsatélites

Inglés. This study aimed to genetically characterize 23 subpopulations of the Mexican Pelibuey sheep and a Cuban flock using nine microsatellite markers. A total of 99 alleles and a polymorphic information content (PIC) of 0.84 were observed. The observed FIS, FST, and FIT were 0.007, 0.151, and 0.158, respectively. Three primers (OarFCB304, OarJMP29, and ILSTS5) showed deviations in the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE; P<0.05). In a subpopulation analysis, the number of alleles per subpopulation ranged from 28 to 49, the mean number of alleles (MNA) was 4.08, and the effective number of alleles (NE) was 3.25. The observed and expected heterozygosity values were 0.726 and 0.731, respectively. Six of the 24 evaluated subpopulations showed deviations of the HWE (P<0.05). The FIS values by subpopulation varied between -0.71 and 0.138. Nine private alleles were detected, and no shared alleles were observed. Using a principal component analysis (PCA), subpopulations were grouped into two clusters. Mantel's test determined that the genetic distance (measured by Nei's unbiased minimum distances) was not related to the geographic distance (r= -0.062; P>0.05). The population structure analysis determined two founder populations (K), similar to the PCA. This study concludes that the Pelibuey sheep in Mexico have high genetic diversity and that its subpopulations are grouped into two clusters, one of which shows the most preserved genetic material.

Español; castellano. El objetivo fue caracterizar genéticamente 23 subpoblaciones de oveja Pelibuey de México y un rebaño cubano mediante nueve marcadores microsatélites. En el análisis por iniciadores, se observaron 99 alelos y un contenido de información polimórfica (PIC) de 0.84. El FIS, FST y FIT tuvieron valores de 0.007, 0.151 y 0.158, respectivamente. Tres iniciadores (OarFCB304, OarJMP29 e ILSTS5) mostraron desviaciones en el equilibrio de Hardy-Weinberg (HWE; P<0.05). En el análisis por subpoblaciones, se observó un rango de 28 a 49 alelos por subpoblación, número medio de alelos (MNA) de 4.08 y número efectivo de alelos (NE) de 3.25. Los valores de heterocigosis observada (HO) y esperada (HE) fueron 0.726 y 0.731, respectivamente. Seis de las 24 subpoblaciones evaluadas mostraron desviaciones del HWE (P<0.05). Los valores de FIS por subpoblación variaron entre -0.71 y 0.138. Se registraron nueve alelos privados y no se detectaron alelos compartidos por todas las subpoblaciones. Mediante un análisis de componentes principales (PCA), las subpoblaciones se agruparon en dos clústeres. La prueba de Mantel determinó que la distancia genética (medida mediante las distancias mínimas insesgadas de Nei) no se relacionó con la distancia geográfica (r= -0.062; P>0.05). El análisis de estructura poblacional determinó que el número de poblaciones ancestrales (K) fue igual a 2, mostrando consistencia con el PCA. Se concluye que la oveja Pelibuey de México tiene una alta diversidad genética y que sus subpoblaciones se agrupan en dos grupos, uno de los cuales muestra el material genético más preservado.