Exploring the genetic of three Hairless Pig breed populations in Mexico | Explorando la genética de tres poblaciones de la raza Cerdo Pelón en México | Explorando a genética de três populações da raça Porco Pelado no México

Inglés. The objective of this research was to carry out a molecular genetic characterization of three Hairless Pig (HP) breed populations located in México in the states of Nayarit, Oaxaca and Yucatán to identify variations, selection effects and population genetic relationships. From blood samples, a total of 163 animals from three populations of HP were successfully genotyped. Genotyped SNP data was employed to compute genetic diversity, population structure and landscape genetic analysis. The parameters of minor allele frequency (MAF), observed heterozygosity (Ho) and Wright’s fixation index (FIS) pointed out that the population of Nayarit is the one with the greatest genetic diversity (MAF: 0.362, Ho: 0.336, FIS: 0.061). Principal Component Analysis (PCA) and a Neighbor-joining phylogenetic tree analysis showed diversification among the three HP populations and pointed out a closer genetic relationship between the HP populations and the Iberian pig breed. The Admixture analysis showed as well common ancestry shared from commercial and Iberian breeds in the HP populations in different gradients. For the analysis of the relationships between geographic and genetic distances, Mantel test was computed and the results described a distribution pattern of the geographical locations along the genetic distances similar to the clustering pattern of the PCA and Neighbor-joining phylogenetic tree analysis. The results obtained manage to present the HP poor conservation state and the need to stablish a genetic conservation program meaning an effort to prevent the loss of a significant cultural, natural and genetic resource.

Español; castellano. El objetivo de esta investigación fue realizar una caracterización genética molecular de tres poblaciones de Cerdo Pelón (CP) ubicadas en México en los estados de Nayarit, Oaxaca y Yucatán para identificar variaciones, efectos de selección y relaciones genéticas poblacionales. Se genotiparon con éxito un total de 163 animales de tres poblaciones de CP. Se emplearon datos de los SNP genotipados para calcular la diversidad genética, la estructura de la población y el análisis genético-espacial. Los parámetros de frecuencia de alelo menor (MAF), heterocigosidad observada (Ho) y el índice de fijación de Wright (FIS) señalaron que la población de Nayarit es la de mayor diversidad genética (MAF: 0.362, Ho: 0.336, FIS: 0.061). El Análisis de Componentes Principales (ACP) y el análisis filogenético mostraron una diversificación entre las tres poblaciones de CP y señalaron una relación genética estrecha entre las poblaciones de CP y la raza de cerdo ibérico. El análisis de Admixture mostró también una ascendencia compartida de razas comerciales e ibéricas en las poblaciones de CP. En el análisis genético-espacial los resultados describieron un patrón de distribución de las ubicaciones geográficas en relación con las distancias genéticas similar al patrón de agrupamiento del ACP y del análisis del árbol filogenético. Los resultados obtenidos logran presentar el mal estado de conservación del CP y la necesidad de establecer un programa de conservación genética que signifique un esfuerzo para evitar la pérdida de un importante recurso cultural, natural y genético.

Portugués. O objetivo desta pesquisa foi realizar uma caracterização genética molecular de três populações da raça Porco Pelón (PP) localizadas no México nos estados de Nayarit, Oaxaca e Yucatán para identificar variações, efeitos de seleção e relações genéticas populacionais. Um total de 163 animais de três populações de PC foram genotipados com sucesso a partir de amostras de sangue. Dados SNP genotipados foram utilizados para calcular a diversidade genética, estrutura populacional e análise genética da paisagem. Os parâmetros de diversidade genética mostraram diferentes graus de diversidade entre as três populações de PP e indicam que a população Nayarit é a que apresenta maior diversidade genética. A Análise de Componentes Principais (ACP) e a análise filogenético de Neighbor-joining mostraram diversificação entre as três populações de PP. A análise de mistura mostrou uma ancestralidade comum compartilhada entre raças comerciais e ibéricas (grupos externos) para populações de PP em diferentes gradientes. Para analisar as relações entre distâncias geográficas e genéticas, foi realizado o teste de Mantel e os resultados descreveram um padrão de distribuição de localizações geográficas em relação às distâncias genéticas semelhante ao observado no padrão de agrupamento ACP e na análise filogenético de Neighbour-joining. Os resultados obtidos conseguem apresentar o mau estado de conservação do PP e a necessidade de estabelecer um programa de conservação genética que signifique um esforço para evitar a perda de um importante recurso cultural, natural e genético.