Morpho-molecular characterization of fungi in harvested fruits of Theobroma cacao L. | Caracterización morfo-molecular de hongos en frutos cosechados de Theobroma cacao L.

Inglés. In the present research, various isolates of pathogenic, endophytic, and epiphytic fungi were molecularly identified from diseased fruits collected in the harvest phase of Theobroma cacao L. coming from two different farms of Norte de Santander and Bolívar departments, Colombia. Standard microbiological procedures were used to phenotypically and molecularly characterize 26 fungi. Moniliphthora roreri, Scopulariopsis spp., 7 species belonging to the Fusarium solani complex, 6 species of Aspergillus, Neocosmospora tonkinensis, Penicillium paneum, Pestalotiopsis microspora, and Geotrichum candidum were found. Besides this, the identification of Neofusicoccum parvum, PQ721376.1, the causal agent of cocoa pod rot in the analyzed samples, is one of the most remarkable results since it is the first time that this recognized destructive fungal pathogen is reported in the country. We concluded that cocoa crops from two geographically different farms located in Colombia harbor a wide variety of fungi, most of them with pathogenic behavior, which could influence their low productivity. This finding supports the need to implement differentiated strategies for disease management depending on the regions where T. cacao L. is cultivated and the pathogenicity profile of the fungus found, to improve crop productivity.

Español; castellano. En la presente investigación se identificaron molecularmente varios aislados de hongos patógenos, endófitos y epífitos a partir de frutos enfermos, recolectados en la fase de cosecha de Theobroma cacao L. provenientes de dos fincas diferentes ubicadas en los departamentos de Norte de Santander y Bolívar, Colombia. Se emplearon procedimientos microbiológicos y moleculares estándar para caracterizar fenotípica y genotípicamente 26 hongos. Se encontraron Moniliphthora roreri, Scopulariopsis spp., 7 especies pertenecientes al complejo Fusarium solani, 6 especies de Aspergillus, Neocosmospora tonkinensis, Penicillium paneum, Pestalotiopsis microspora y Geotrichum candidum. Además de esto, la identificación de Neofusicoccum parvum, PQ721376.1., el agente causal de la pudrición de la mazorca del cacao en las muestras analizadas, es uno de los resultados más notables, debido a que es la primera vez que este reconocido patógeno fúngico destructor es reportado en el país. Se concluyó que los cultivos de cacao de dos fincas geográficamente diferentes ubicadas en Colombia, albergan una gran variedad de hongos, la mayoría de ellos con comportamiento patógeno, lo que podría estar influyendo en su baja productividad. Este hallazgo apoya la necesidad de implementar estrategias diferenciadas para el manejo de enfermedades dependiendo de las regiones donde se encuentre establecido el cultivo de T. cacao L. y del perfil de patogenicidad de los hongos encontrados, con el fin de mejorar la productividad de los cultivos.