Phylogenetic relationships of Yucatan hairless pig with Asian and European breeds by mitochondrial DNA D-loop | Relaciones filogenéticas del cerdo pelón de Yucatán con razas asiáticas y europeas mediante el ADN mitocondrial | Relações filogenéticas do porco sem pelo de Yucatán com raças asiáticas e europeias através do DNA mitocondrial

Inglés. In Mexico native pig genotypes exist whose populations face serious threats to survival. One of them is the Yucatan hairless pig (YUCMEX), for which limited information is available regarding its current conservation status. This study aimed to determine the phylogenetic relationship of YUCMEX with Iberian, wild pigs (WB), European, Asian, and commercial pigs using the mtDNA D-loop region. A total of 31 YUCMEX sequences and 77 mitochondrial haplotypes from GenBank were analyzed, aligned to reference sequence AJ002189. The study fragment, trimmed between positions 15435 and 15977, resulted in 543 base pairs. Genetic distances were calculated to compare YUCMEX with the other pig groups. Phylogenetic trees were constructed using the Neighbor-Joining method with Kimura's two-parameter distance and 1000 bootstrap replicates. Additionally, a principal component analysis (PCA) was performed based on evolutionary distances. Among the 108 sequences analyzed, 41 variable sites and 44 haplotypes were identified. YUCMEX individuals grouped into four haplogroups (HA, HB, HC, HD), showing lower D-loop diversity and genetic distance from the Duroc breed. European and Asian haplotypes formed seven phylogenetic groups, clearly separating both regions. The YUCMEX haplogroups clustered into three lineages close to WB from Portugal and Spain but were distinct from Asian pigs and Eastern European WB haplotypes. These findings confirm the European—specifically Iberian—origin of the Yucatan hairless pig.

Español; castellano. En México existen genotipos de cerdos nativos cuyas poblaciones enfrentan serias amenazas para su supervivencia. Uno de ellos es el cerdo pelón de Yucatán (YUCMEX), para el cual se dispone de información limitada sobre su estado de conservación actual. Este estudio tuvo como objetivo determinar la relación filogenética de YUCMEX con cerdos ibéricos, jabalíes (WB), europeos, asiáticos y comerciales utilizando la región D-loop del ADNmt. Se analizaron un total de 31 secuencias de YUCMEX y 77 haplotipos mitocondriales de GenBank, alineados a la secuencia de referencia AJ002189. El fragmento de estudio, recortado entre las posiciones 15435 y 15977, resultó en 543 pares de bases. Se calcularon distancias genéticas para comparar YUCMEX con los otros grupos de cerdos. Los árboles filogenéticos se construyeron utilizando el método Neighbor-Joining con la distancia de dos parámetros de Kimura y 1000 réplicas bootstrap. Además, se realizó un análisis de componentes principales (ACP) basado en distancias evolutivas. Entre las 108 secuencias analizadas, se identificaron 41 sitios variables y 44 haplotipos. Los individuos YUCMEX se agruparon en cuatro haplogrupos (HA, HB, HC, HD), mostrando menor diversidad de bucle D y distancia genética con respecto a la raza Duroc. Los haplotipos europeos y asiáticos formaron siete grupos filogenéticos, separando claramente ambas regiones. Los haplogrupos YUCMEX se agruparon en tres linajes cercanos al WB de Portugal y España, pero distintos de los haplotipos WB de los cerdos asiáticos y de Europa del Este. Estos hallazgos confirman el origen europeo, específicamente ibérico, del cerdo pelón de Yucatán.

Portugués. No México existem genótipos nativos de suínos cujas populações enfrentam sérias ameaças à sua sobrevivência. Um deles é o porco sem pelo de Yucatán (YUCMEX), para o qual há informações limitadas disponíveis sobre seu status de conservação atual. Este estudo teve como objetivo determinar a relação filogenética de YUCMEX com suínos ibéricos, javalis (WB), europeus, asiáticos e comerciais usando a região D-loop do mtDNA. Um total de 31 sequências de YUCMEX e 77 haplótipos mitocondriais do GenBank foram analisados, alinhados à sequência de referência AJ002189. O fragmento de estudo, aparado entre as posições 15435 e 15977, resultou em 543 pares de bases. As distâncias genéticas foram calculadas para comparar YUCMEX com outros grupos de suínos. Árvores filogenéticas foram construídas usando o método Neighbor-Joining com a distância de dois parâmetros de Kimura e 1000 réplicas bootstrap. Além disso, uma análise de componentes principais (ACP) baseada em distâncias evolutivas foi realizada. Entre as 108 sequências analisadas, 41 sítios variáveis e 44 haplótipos foram identificados. Indivíduos YUCMEX agruparam-se em quatro haplótipos (HA, HB, HC, HD), mostrando menor diversidade de D-loop e distância genética em relação à raça Duroc. Haplótipos europeus e asiáticos formaram sete grupos filogenéticos, separando claramente ambas as regiões. Haplótipos YUCMEX agruparam-se em três linhagens próximas aos haplótipos WB de Portugal e Espanha, mas distintas dos haplótipos WB de suínos asiáticos e do Leste Europeu. Essas descobertas confirmam a origem europeia, especificamente ibérica, do porco sem pelo de Yucatán.