Design, production and utilization of long oligonucleotide microarrays for expression analysis in maize [Zea mays L.]
2005
Gardiner, J.M. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Plant Sciences) | Buell, C.R. (The Institute for Genomic Research, Rockville, MD (USA)) | Elumalai, R. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Plant Sciences) | Galbraith, D.W. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Plant Sciences) | Henderson, D.A. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Animal Science) | Iniguez, A.I. (Wisconsin Univ., Madison (USA). Dept. of Agronomy) | Kaeppler, S.M. (Wisconsin Univ., Madison (USA). Dept. of Agronomy) | Kim, J.J. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Animal Science) | Liu, J. (The Institute for Genomic Research, Rockville, MD (USA)) | Smith, A. (Wisconsin Univ., Madison (USA). Dept. of Agronomy) | Zheng, L. (The Institute for Genomic Research, Rockville, MD (USA)) | Chandler, V.L. (Arizona Univ., Tucson (USA). Dept. of Plant Sciences)
anglais. Analysis of gene expression on a genome scale can provide useful insights into plant growth and development and an understanding of the mechanisms used by plants to cope with biotic and abiotic stress. To facilitate analysis of genome-wide gene expression in maize, we have assembled a large collection of maize EST and genomic sequences, designed a set of 57,442 maize 70-mer oligonucleotides to represent these sequences and printed a two-slide microarray set (MOA and MOB) which is available to the maize research community at minimal cost. To monitor array quality, we have developed a series of printing controls and procedures that, when coupled with a 9-mer hybridization assay, allow tracking of spot morphology and printing pin carryover. An optimized hybridization protocol has been developed by testing a series of hybridization temperatures and performing detailed statistical analyses. To facilitate management of all long-oligonucleotide associated array data, Zeamage, a Sybase relational database, has been developed and is available at www.maizearray.org. Zeamage contains the appropriate tables and fields for tracking the oligonucleotide sequences and associated annotation, array design and biological information associated with the microarray hybridizations. The www.maizearray.org web site provides additional information on the project, array content and data analysis tools
Afficher plus [+] Moins [-]italien. [L'analisi dell'espressione genica a scala genomica può fornire intuizioni utili sulla crescita e lo sviluppo della pianta e una comprensione dei meccanismi utilizzati dalle piante per far fronte agli stress biotici e abiotici. Per facilitare l'analisi dell'espressione genica estesa a tutto il genoma nel mais, abbiamo creato una vasta collezione di EST e di sequenze genomiche del mais, impostato un gruppo di 57.442 oligonucleotidi 70-meri del mais per rappresentare queste sequenze e stampato un complesso di microarray (MOA e MOB) su due slide, che è disponibile per i ricercatori del mais a costo minimo. Per controllare la qualità degli array, abbiamo sviluppato una serie di controlli e procedure di stampa che, quando sono associate con saggio di ibridazione 9-mero, consentono il rilevamento della morfologia delle macchie e del carryover del pin di stampa. E' stato sviluppato un protocollo di ibridazione ottimizzato saggiando una serie di temperature di ibridazione e compiendo analisi statistiche dettagliate. Per facilitare la gestione di tutti i dati degli array associati agli oligonucleotidi lunghi, è stata sviluppata Zeamage, un database relazionale Sybase, disponibile all'indirizzo www.maizearray.org. Zeamage contiene le tabelle e i campi appropriati per rilevare le sequenze oligonucleotidiche e le annotazioni, la configurazione dell'array e le informazioni biologiche associate alle ibridazioni dei microarray. Il sito web www.maizearray.org fornisce informazioni aggiuntive sul progetto, il contenuto di array e strumenti per l'analisi dei dati.]
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Istituto di Servizi per il Mercato Agricolo Alimentare
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