Elaboration of regional system for genomic evaluation as the base element of national cattle breeding program in Russia | Региональная система геномной оценки как базовый элемент национальной программы генетического совершенствования крупного рогатого скота

anglais. The aim of the study is elaboration the regional breeding system in relation with Russian national cattle program using genetic and genomic data to get breeding values for sires and cows at the early age. In order to increase the accuracy and comparability of sires' genomic breeding value the proposal to create a common reference population of Black-and-White and Holstein cattle by combining the regional databases in Russia is being debated. For this purpose, about 1000 individuals were genotyped using the Illumina 50K panel from Moscow, Leningrad and Vologda regions. According to quality control procedure, more than 40,000 single nucleotide polymorphisms (SNP) to construct the genomic relationship matrix have been taken. The estimated breeding value (EBV) for bulls and cows by production and health traits was calculated using BLUP method. The genomic evaluations was obtained through the GBLUP approach for genotyped animals. Genetic differences between the three regional groups of sires were minimal and were based on the fixation index: Fst = 0.004-0.016. The analysis of genome-wide association study for milk production traits showed significant level between single nucleotide mutation in the DGAT1 gene and fat percentage (p less 1x10 E23). To implement the mating strategy for using young bulls (without progeny) and cows with reestimated EBV by the genomic data for the Russian reference population the breeding scheme was developed. In the breeding groups of bulls' sires and dam, 28 males and 54 cows were selected with genomic EBV for milk yield above +800 and +600 kg of milk, respectively. The implementation of the national monitoring for genetic improvement of dairy cattle breeds using genomic selection approaches makes it possible to conduct effective work on regional genetic management in Russian breeding resources and to create TOP-ratings of high-valued animals.

russe. Рассмотрена возможность использования генетических и геномных данных для прогнозирования в раннем возрасте племенных качеств молочного скота. С целью повышения точности и сравнимости геномной племенной ценности быков-производителей рассматривается предложение о создании единой референтной популяции голштинизированного Ч-П и Г скота путем объединения информации племенного учета ряда регионов России. Для этого было генотипировано с использованием биочипов Illumina 50K около 1000 гол., принадлежащих популяциям крупного рогатого скота Московской, Ленинградской и Вологодской областей. Для построения геномной матрицы родства взято более 40 тыс. однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Оценка племенной ценности для быков и коров по признакам продуктивности и здоровья рассчитывалась на основе уравнения смешанной модели по BLUP. Геномный прогноз получен с помощью подхода GBLUP для генотипированных животных. Генетические различия между региональными группами быков-производителей были минимальными и составляли по значению индекса фиксации Fst=0,004-0,016. Анализ полногеномных ассоциаций по признакам продуктивности показал значимую сопряженность между нуклеотидной заменой в гене DGAT1 (Р меньше 1x10E23) и массовой долей жира в молоке. Для реализации работ по заказным спариваниям была разработана схема разведения, предусматривающая использование молодых быков и коров с уточненными оценками собственной продуктивности, оцененных по геному на основе отечественной референтной популяции. В селекционные группы отцов и матерей быков отобраны 28 производителей и 54 коровы с показателями геномных оценок по удою свыше +800 и +600 кг молока, соответственно. Реализация национального мониторинга генетического улучшения пород молочного скота с применением подходов, основанных на геномном отборе, позволяет проводить эффективную работу по региональному управлению племенными ресурсами, созданию рейтингов высокоценных в племенном отношении животных.