Evaluation des outils moléculaires AFLP et IS-LM-PCR pour l'analyse de la structure des populations brésiliennes de Xanthomonas axonopodis pv. citri

L'état de Sao Paulo (Brésil) est confronté depuis quelques années à une préoccupante épidémie de chancre asiatique des agrumes (Xanthomonas axonopodis pv. citri). Le nombre de nouveaux foyers dans la zone «noble» a, à partir de 1996 - date de l'introduction de la mineuse des agrumes (Phyllocnistis citrella) - augmenté de façon exponentielle pour atteindre plus de 4000 signalements en 1999, avec comme conséquence directe l'arrachage de près de 5 millions de plants au cours des 13 dernières années. L'optimisation des stratégies de lutte passe par une amélioration des connaissances scientifiques sur la maladie mais aussi sur la structure des populations pathogènes et leur évolution. Dans le cas de l'épidémie de chancre des agrumes dans l'état de Sao Paulo, où une stratégie d'éradication totale est mise en oeuvre, le typage moléculaire des isolats permettra de déterminer les relations épidémiologiques entre isolats détectés dans différents nouveaux foyers, de mettre en évidence la réactivation d'inoculum latent. A terme, l'efficacité du programme d'éradication pourra être évaluée en mesurant la relation génétique des isolats associés aux nouveaux foyers. Un travail de génotypage à l'aide d'un séquenceur 16 capillaires utilisant (i) la technique FAFLP (fluorescent amplified fragment length polymorphism) et (ii) deux séquences insertionnelles de X. axonopodis pv. citri présentes en plusieurs homologues dans le génome de cette bactérie (IS-Ligation Mediated - PCR) a été mené. Ces travaux ont montré que (i) les populations présentes dans l'état de Sao Paulo sont génétiquement peu polymorphes, (ii) certaines populations présentes dans les états limitrophes sont génétiquement éloignées des populations présentes dans l'état de SP et pourraient constituer une menace pour la zone majeure de production, et (iii) les séquences insertionnelles s'avèrent bien adaptées pour typer le groupe clonai présent dans l'état de Sao Paulo. (Texte intégral)