Diversité des aphyllophorales impliquées dans la dégradation du bois

Le bois possède une structure très complexe. Les particularités de son organisation cellulaire, sa composition chimique et l'identité génétique de chaque espèce conditionnent ses propriétés parmi lesquelles sa sensibilité vis-à-vis des agents biologiques. Champignons et insectes attaquent le bois, brisant sa structure cellulaire en altérant ses caractéristiques physiques et esthétiques. Les champignons de pourritures cubique, fibreuse ou molle, en utilisant les différents constituants du bois comme source carbonée, engendrent sa dégradation en provoquant des altérations profondes et irréversibles de toutes ses propriétés, couleur, dureté, propriétés mécaniques. Ces propriétés catalytiques fondamentales au bon fonctionnement de la plupart des écosystèmes terrestres représentent une nuisance grave pour les bois mis en service. Mieux connaître les organismes impliqués dans ces dégradations afin de s'en protéger pour assurer la durabilité du bois mis en service doit permettre de déterminer l'exacte quantité du pesticide requis pour une préservation du bois efficace et respectueuse de l'environnement. Pour cela, le CIRAD-Forêt a entrepris une caractérisation moléculaire des 800 souches de sa collection de champignons lignivores. Ainsi, les régions de l'ADN ribosomique nucléaire comprenant les parties ITS1, ITS2 et 5,8S de 103 Aphyllophorales ont été amplifiées par PCR en utilisant les amorces ITS1 et ITS4. L'analyse des poids moléculaires des amplifiats a permis de mettre en évidence un polymorphisme de longueur de cette région permettant de définir deux principaux groupes d'isolats: un premier avec un ITS ayant une longueur voisine de 635 paires de bases et un second avec une longueur voisine de 725 paires de bases. L'utilisation d'enzymes de restriction a permis de préciser la caractérisation de ces isolats et d'en révéler la diversité. Enfin, le séquençage des amplifiats obtenus avec les amorces ITS1 et ITS4 a été réalisé sur 69 souches parmi les 103 initialement étudiées. Les comparaisons de ces séquences entre-elles et avec des séquences de la base de données NCBI ont permis de mettre en évidence des variabilités inter et intraspécifiques importantes, de nature à remettre en cause la détermination des souches ou la systématique de certains groupes comme tes Spongipelis spp. et les Antrodia spp. Par ailleurs, le positionnement phylogénétique de ces différents groupes met en évidence des clusters de souches de pourriture cubique distinct des clusters de souches de pourritures fibreuses. (Texte intégral)