TREEPEACE: Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand

Lesur Kupin, Isabelle

TREEPEACE: Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand

2018

Lesur Kupin, Isabelle

Le jeu de données est constitué de 191,281 SNPs identifiés dans 297 arbres (mélange de Q. robur et Q. petraea) situés dans la forêt de La Petite Charnie. Ces SNPs ont été détectés sur le génome de référence du chêne 3P, obtenu dans le cadre du projet ANR Genoak et hébergé par l'Urgi (https://urgi.versailles.inra.fr/Projects/Forest-trees-projects/GenOak). Les SNPs sont également accessibles sur le JBrowse de l'URGI: https://urgi.versailles.inra.fr/WebApollo_oak_PM1N/jbrowse/?loc=Qrob_H2.3_Sc0000024%3A63548..63683&tracks=DNA%2CAnnotations%2CSNP&highlight= Ces données ont été obtenues dans le cadre de l'ERC TreePeace (#FP7-339728) dirigée par Antoine Kremer. This dataset contains 191,281 SNPs identified in 297 oak trees (mixed oak stand of Q. robur and Q. petraea) located in La Petite Charnie forest. These SNPs have been identified in the oak reference genome 3P. The genome has been obtained within the Genoak ANR project and is available at URGI (https://urgi.versailles.inra.fr/Projects/Forest-trees-projects/GenOak). SNPs can also be accessed directly throught the URGI JBrowse: https://urgi.versailles.inra.fr/WebApollo_oak_PM1N/jbrowse/?loc=Qrob_H2.3_Sc0000024%3A63548..63683&tracks=DNA%2CAnnotations%2CSNP&highlight= These data have been obtained within the TreePeace ERC project (#FP7-339728), directed by Antoine Kremer.

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