GENOPARFUM: Creation of resources and molecular tools for the implementation of a selection strategy on lavender | GENOPARFUM : Création de ressources et d'outils moléculaires pour la mise en place d'une stratégie de sélection sur la lavande.

anglais. Fine lavender (Lavandula angustifolia) and lavandin (Lavandula x intermedia) are emblematic species ofFrance and of great economic interest. Thanks to the cost reduction of sequencing technologies and tothe development of suitable bioinformatics tools, Iteipmai, with the help of its partners (INRAE,CRIEPPAM and CNPMAI), was able to set up a project to develop molecular tools on lavender andlavandin, in order to improve the efficiency of breeding programs. Thus, the GenoParfum project wasset up to create the genomic resources necessary for the development of these new strategies usingnext-generation sequencing technologies.This general objective is declined in three axes: (i) to develop a catalog of reference lavender genes, (ii)to identify SNP (Single Nucleotide Polymorphism) polymorphism for lavender and lavandin and (iii) totest the validity of this polymorphism within the scope of an analysis of genetic diversity (clonal varietiesand natural populations of lavender). This article presents the work carried out in axis 3 (the results fromaxes 1 and 2 are presented in an associated article (Fopa Fomeju et al., 2018)).A pooled sequencing approach was used to study SNP-type polymorphism in 21 natural populationsfrom 6 geographic regions of southeastern France and northwestern Italy. These populations werecollected at altitudes ranging from 200 meters to 1500 meters. To these populations, 3 populationvarieties selected by Iteipmai (Rapido, Carla and Saralia) were added.The results indicated that genetic diversity was structured according to the geographical origin of thepopulations and not according to their altitude. The rate of polymorphism in improved populations wassimilar to that observed in natural populations. This approach also made it possible to highlight therelevance of molecular tools for the management of genetic resources.The results will be used to build a core collection to initiate association genetics studies and to identifymarkers associated with agronomic traits of interest to lavender.

français. La lavande fine (Lavandula angustifolia) et le lavandin (Lavandula x intermedia) sont des espècesemblématiques de la France et présentent un fort intérêt économique. Grâce à la réduction des coûtsdes technologies de séquençage et au développement d’outils de bio-informatique adaptés, l’iteipmai,avec l’aide de ses partenaires (INRAE, CRIEPPAM et CNPMAI), a pu mettre en place un projet dedéveloppement d’outils moléculaires sur la lavande et le lavandin afin d’améliorer l’efficacité desprogrammes de sélection. Ainsi, le projet GenoParfum a été mis en place pour créer des ressourcesgénomiques nécessaires au développement de ces nouvelles stratégies en utilisant les dernièrestechnologies de séquençage haut débit.Cet objectif général se décline en trois axes : (i) développer un catalogue de gènes de référence delavande, (ii) identifier du polymorphisme de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour la lavandeet le lavandin et (iii) tester la validité de ce polymorphisme dans le cadre d’une analyse de diversitégénétique (variétés clonales et populations naturelles de lavande). Cet article présente les travauxconduits dans l’axe 3 (les résultats des axes 1 et 2 sont présentés dans un article associé : FopaFomeju et al., 2018).Une approche de séquençage en mélange a été utilisée pour étudier le polymorphisme de type SNPdans 21 populations naturelles issues de 6 régions géographiques du sud-est de la France et nordouest de l’Italie. Ces populations ont été prélevées à des altitudes allant de 200m à 1500m. A cespopulations, 3 variétés populations sélectionnées (Rapido, Carla et Saralia) ont été ajoutées.Les résultats ont indiqué une structuration de la diversité génétique selon l’origine géographique despopulations et non selon l’altitude dans le panel étudié. Le taux de polymorphisme dans les populationsaméliorées était similaire à celui observé dans les populations naturelles. Cette approche a égalementpermis de mettre en évidence la pertinence des outils moléculaires pour la gestion des ressourcesgénétiques.Les résultats obtenus seront exploités pour la constitution d’une core-collection pour amorcer desétudes de génétique d’association et pour identifier des marqueurs associés à des traits agronomiquesd’intérêt pour la lavande et le lavandin.