POPULATION GENETIC ANALYSIS OF BRAZILIAN PEACH BREEDING GERMPLASM

anglais. ABSTRACT Peach has great economic and social importance in Brazil. Diverse sources of germplasm were used to introduce desirable traits in the Brazilian peach breeding pool, composed mainly by local selections and accessions selected from populations developed by the national breeding programs, adapted to subtropical climate, with low chill requirement, as well as accessions introduced from several countries. In this research, we used SSR markers, selected by their high level of polymorphism, to access genetic diversity and population structure of a set composed by 204 peach selected genotypes, based on contrasting phenotypes for valuable traits in peach breeding. A total of 80 alleles were obtained, giving an average of eight alleles per locus. In general, the average value of observed heterozygosity (0.46) was lower than the expected heterozygosity (0.63). STRUCTURE analysis assigned 162 accessions splitted into two subpopulations based mainly on their flesh type: melting (96) and non-melting (66) flesh cultivars. The remaining accessions (42) could not be assigned under the 80% membership coefficient criteria. Genetic variability was greater in melting subpopulation compared to non-melting. Additionally, 55% of the alleles present in the breeding varieties were also present in the founder varieties, indicating that founding clones are well represented in current peach cultivars and advanced selections developed. Overall, this study gives a first insight of the peach genetic variability available and evidence for population differentiation (structure) in this peach panel to be exploited and provides the basis for genome-wide association studies.

portugais. RESUMO O pessegueiro tem grande importância econômica e social no Brasil. Diversas fontes de germoplasma foram utilizadas para a introdução de caracteres desejados no pool gênico de pessegueiro do Brasil, constituído principalmente de seleções naturalizadas e acessos selecionados a partir de populações desenvolvidas pelos programas de melhoramento, adaptadas às condições de clima subtropical, de baixa exigência em frio, bem como acessos introduzidos de diversos países. Neste estudo, foram utilizados marcadores SSR, selecionados por seu elevado nível de polimorfismo com objetivo de acessar a variabilidade genética e a estrutura populacional de um painel composto por 204 genótipos de pessegueiro, selecionados com base em fenótipos contrastantes para importantes caracteres no melhoramento do pessegueiro. Um total de 80 alelos foram identificados, com média de oito alelos por loco. Em geral, o valor médio da heterozigosidade observada (0,46) foi menor do que a heterozigosidade esperada (0,63). Análises do STRUCTURE atribuíram 162 acessos em duas subpopulações, majoritariamente com base em caracteres relativos ao fruto: cultivares fundentes (96) e não-fundentes (66). Os acessos restantes (42) foram considerados não-estruturados, utilizando um coeficiente de adesão de 80%. A variabilidade genética foi maior na subpopulação fundente em comparação com a não-fundente. Além disso, 55% dos alelos presentes nas cultivares e seleções do programa de melhoramento também estão presentes nos clones de fundação, indicando que estes clones estão bem representados nas cultivares de pessegueiro e seleções avançadas desenvolvidas. Este estudo apresenta uma primeira percepção da variabilidade genética disponível e evidências para a diferenciação da população (estrutura) neste painel de pessegueiro, que pode ser explorada e servir como base para estudos de mapeamento associativo.