Inverse sequence-tagged repeat (ISTR) analysis. A novel and universal PCR (polymerase chain reaction)-based technique for genome analysis in the plant and animal kingdom

anglais. The previously described amplification of a subset of copia-like repetitive sequence elements in the coconut genome by inverse sequence-tagged repeat analysis (ISTR) was extended into a generally applicable strategy for plant and animal genome analysis. A wide range of genomic DNAs was amplified in a polymerase chain reaction in the presence of identical copia sequence-derived primers or primer pairs. The number of loci detected by a single ISTR analysis is large and ranges between 20 and 100, a value which is comparable to that obtained by the AFLP (amplified fragment lenght polymorphism) technique. Depending on the species and the PCR primers, also the number of DNA polymorphisms (at an average 5-50) equals that of AFLP analyses. A modification of the experimental approach allowed the nonradioactive detection of DNA fragments in the sequence gel without membrane transfer thereby allowing for the widespread use of the technology. In addition, specific PCR fragments of interest can be reisolated from the gel, reamplified, sequenced and thus converted for PCR-based sequence-tagged site (STS) analysis

italien. [L'amplificazione, descritta in precedenza, di un sottoinsieme di elementi in sequenza ripetitiva copia-simili nel genoma della noce di cocco mediante analisi inverse sequence-tagged repeat (ISTR) e' stata estesa a una strategia di applicazione generale per l'analisi dei genomi vegetali e animali. E' stata anplificata una vasta gamma di DNA genomici in una reazione a catena di polimerasi in presenza di primer derivati da sequenze copia identiche o di paia di primer. Il numero di loci identificati mediante una singola analisi ISTR e' ampio e varia da 20 a 100, valore comparabile a quello ottenuto mediate la tecnica AFLP (polimorfismo della lunghezza dei frammenti amplificati). In relazione alle specie e ai primers PCR, anche il numero di polimorfismi del DNA (a una media di 5-50) uguaglia quello delle analisi AFLP. Una modifica dell'approccio sperimentale ha consentito l'individuazione non radioattiva di frammenti di DNA nel gel di sequenza senza trasferimento di membrana, consentendo pertanto un'ampia utilizzazione della tecnologia. In aggiunta, frammenti PCR specifici interessanti possono essere reisolati dal gel, reamplificati, analizzati per quanto riguarda la sequenza e convertiti quindi per l'analisi sequence-tagged site (STS) basata su PCR]