Caractérisation moléculaire des Escherichia coli O111 et diversité des souches isolées en France

Doctoral

anglais. Escherichia coli is a normal host of intestinal flora. Thus, for food industry, it is a good indicator of feco-oral contaminations. However, some serotypes (defined by the combination of somatic O and flagellar H antigens), or serogroups, (just defined by the antigen O alone) of this species can be pathogenic: it is the case for O157:H7, O26, or O111. They can be potentially responsible for collective food toxi-infections and more seriously for the Haemolytic and Uraemic Syndrome (HUS) due to enterohemorhagic Escherichia coli (EHEC) The Reference National Center for E. coli and Shigella is in charge of characterizing pathogenic E coli and detecting their pathogenicity genes, and participating to epidemic investigation. This is done, first of all, by using serotyping with sera, molecular serotyping which can determine the serotype, then by the detection of pathogenicity genes which can define pathovars of E. coli. Ribotyping and PFGETyping techniques, which are epidemiological markers, allow a more precise molecular identification, and contribute to epidemic analysis. The molecular characterization of the serogroup O111 of E. coli and the pathogenicity factor detection showed there were a great antigenic and pathogenic diversity among these strains, and a good correlation between serotypes and pathovars. This study demonstrated that serotyping is not sufficient and pathogenicity genes should be searched for. PFGEtyping, being highly discriminative, showed a large diversity within serogroup O111.

français. Escherichia coli est un hôte normal de la flore intestinale. De ce fait, pour l’industrie agroalimentaire, c’est un bon indicateur de contaminations feco-orales. Cependant certains sérotypes (définis par la combinaison des antigènes somatiques O et flagellaires H) ou sérogroupes (définis par l’antigène somatique seul) de cette espèce peuvent être pathogènes, c’est le cas pour des O157 : H7, O26, ou O111. Ils peuvent être responsables de toxi-infections alimentaires collectives et plus gravement du Syndrome Hémolytique et Urémique (SHU) lorsque la bactérie incriminée d’après ses gènes de pathogénicité est un Escherichia coli entérohémoragique ou EHEC. Le Centre National de Référence des E. coli et Shigella est chargé de caractériser les E. coli pathogènes, de détecter leurs gènes de pathogénicité, et de participer à l’investigation de phénomènes épidémiques. Celà s’effectue, tout d’abord, grâce à la sérotypie à l’aide de sérums, au sérotypage moléculaire permettant de déterminer le sérotype, puis par la recherche de gènes de pathogénicité qui permet de définir le pathovar de E. coli. Les techniques de ribotypie et de pulsotypie, qui sont des marqueurs épidémiologiques, permettent une identification moléculaire plus précise, contribuant à des analyses épidémiques plus poussées. La caractérisation moléculaire des E. coli du sérogroupe O111 et la détection desfacteurs de pathogénicité ont montré qu’il existait parmi les souches une grande diversité antigénique et pathogénique, une bonne corrélation entre sérotypes et pathovars. Cette étude démontre que le sérotypage ne suffit pas et qu’il faut rechercher aussi les gènes de pathogénicité. La pulsotypie par une forte discrimination montre aussi une très grande diversité au sein du sérogroupe O111.