Detecting the genetic variants associated with key culinary traits in Dioscorea alata
2024
Dossa, Komivi | Houngbo, Mahugnon, Ezékiel | Léchaudel, Mathieu | Malédon, Erick | Zoclanclounon, Yedomon, Ange Bovys | Irep, Jean-Luc | Nazir, Mian, Faisal | Chaïr, Hâna | Cornet, Denis | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR QualiSud) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Qualisud - Pôle de La Réunion (Qualisud Réunion) ; Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (UMR QualiSud) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Rothamsted Research ; Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) | Agrosystèmes tropicaux (ASTRO) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Chinese Academy of Agricultural Sciences (CAAS) | This work was supported by the CGIAR Research Program on Roots, Tubers, and Bananas (CRP-RTB) and the grant opportunity INV-008567 (formerly OPP1178942): Breeding RTB Products for End User Preferences (RTBfoods), to the French Agricultural Research Centre for International Development (CIRAD), Montpellier, France, by the Bill & Melinda Gates Foundation (BMGF): https://rtbfoods.cirad.fr.
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. Highlights: • Diversity in yam (Dioscorea alata) culinary traits is investigated. • Correlations among yam culinary traits are identified. • Genetic loci controlling yam culinary traits are discovered. • Findings will facilitate breeding for higher quality in yam.Abstract: Quality attributes play a pivotal role in determining consumers’ acceptance and market value of food crops. Dioscorea alata is a major yam species for food security in tropical areas, but our understanding of the genetic factors underlying tuber culinary traits is limited. This study aimed at elucidating the genetic basis of key culinary attributes, including apparent dry matter content (DM), cooking time, boiled yam hardness, and moldability, through genome-wide association studies (GWAS). Phenotypic assessment revealed notable variations among the D. alata genotypes and significant correlations among the quality traits. The GWAS identified 25 significant associations distributed across 14 chromosomes. A total of 12, 1, 6, 6 single nucleotide polymorphisms were detected for cooking time, moldability, hardness and DM. Allele segregation analysis of the identified loci highlighted favorable alleles for short cooking time, good moldability, high hardness and DM content. Within a set of 42 putative candidate genes, we identified genes differentially expressed in tubers of genotypes with contrasting quality attributes. Our study offers valuable insights into the links between these key culinary traits and the underlying genetic basis in D. alata. These findings have practical implications for breeding programs aimed at enhancing the quality attributes of greater yam.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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