Methodology to perform demographic inferences using ancient and modern samples

La secuenciación de genomas antiguos nos permite trazar mejor nuestra historia mediante el estudio conjunto de genomas de individuos del presente y del pasado. El análisis de estos genomas requiere de la aplicación y desarrollo de métodos estadísticos y computacionales que nos permitan inferir la historia que mejor explica los patrones de diversidad genética observada en los genomas estudiados. Un estadístico de diversidad genética muy utilizado para la inferencia de la historia es el espectro de frecuencias por sitio. Este estadístico ha sido ampliamente utilizado para inferir el pasado empleando genomas modernos. Sin embargo, todavía no se ha analizado a profundidad la posibilidad de utilizar este estadístico para inferir la historia demográfica en el pasado mediante el análisis conjunto de genomas modernos y antiguos. En esta tesis realizo un análisis computacional para evaluar si el espectro de frecuencias por sitio es informativo para inferir un parámetro demográfico muy informativo sobre la historia en el pasado, el tiempo de divergencia entre poblaciones. Para llevar esto a cabo, se desarrolló una metodología que permite calcular el espectro de frecuencias por sitio a través de un conjunto de genomas simulados. Las simulaciones que se llevan a cabo muestran que el espectro de frecuencias por sitio es sensible a cambios del tiempo de divergencia entre poblaciones y del tamaño de muestra en una población antigua. Los análisis muestran que el tiempo de divergencia es ligeramente subestimado bajo simulaciones con tiempos de divergencia que son cercanos al tiempo de divergencia entre distintas poblaciones en América. Se encuentra que un aumento en el tamaño de muestra mejora los estimados del tiempo de divergencia. Los resultados muestran que es conveniente realizar simulaciones para validar si, dado un cierto diseño de estudio con tamaños específicos de muestra en una población antigua, es posible realizar estimaciones certeras de parámetros demográficos de interés como el tiempo de divergencia.