Est-ce-que l'aquaculture contribue à l'émergence du gène mcr-1 ? Nouvelles évidences

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français. La colistine est un vieil antibiotique qui est devenu la dernière option pour traiter des infections causées par bactéries gram – résistantes aux antibiotiques en médecine humaine. En 2015, un gène de résistance à la colistine, horizontalement transférable, a été découvert en Chine. Il s’agit du gène mcr-1 localisé sur un plasmide (1). Depuis cette date, le screening de collections d’Enterobacteriaceae a montré la dissémination mondiale de ce gène chez l’homme, les animaux et dans l’environnement, qui est passé inaperçu pendant des décennies. Plusieurs auteurs suggèrent que l’aquaculture est responsable de l’origine et la sélection du gène mcr-1(2,3). Dans cette étude rétrospective, nous avons évalué la sensibilité à la colistine d’une collection de Yersinia ruckeri responsable de cas cliniques en pisciculture en France. Nous avons testé 104 isolats cliniques et nonreliés épidémiologiquement de Y. ruckeri par la méthode de CMI (Concentration Minimale Inhibitoire) liquide selon le protocole de référence (CLSI). Il n’existe pas de seuil de résistance décrit pour le couple colistine/Y. ruckeri, nous avons donc utilisé la valeur reportée par le European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing pour Escherichia coli, une autre Enterobacteriaceae (CMI >2μg/ml). Un isolat montrait une résistance phénotypique à la colistine (CMI=128 μg/ml). Son ADN plasmidique a été testé par PCR pour la recherche du gène mcr-1, et le séquençage a montré une similarité de 100% avec la séquence de mcr-1 décrite initialement en Chine. Cet isolat correspondait à un cas de yersiniose sur un saumon atlantique isolé en 1985.Cette étude décrit pour la première fois la présence du gène mcr-1 chez Y. ruckeri, et présente l’isolat porteur de mcr-1 le plus ancien décrit en Europe. L’isolat antérieurement considéré le plus ancien date de 2004 (4). Nos résultats suggèrent que l’aquaculture peut avoir un rôle dans l’origine et la sélection de mcr-1, mais aussi que mcr-1 n’a pas persisté dans la population de Y. ruckeri associée à l’aquaculture en France. Le non-usage de la colistine en aquaculture en France peut avoir évité la dissémination de mcr-1. Au contraire, on considère qu’en Asie l’usage important de cet antibiotique en aquaculture ainsi que l’abondance des élevages piscicoles sont responsables de la distribution extensive de mcr-1.