Optimization of a liquid chromatography ion mobility-mass spectrometry method for untargeted metabolomics using experimental design and multivariate data analysis
2016
Tebani, Abdellah | Schmitz-Afonso, Isabelle | Rutledge, Douglas | Gonzalez, Bruno, J. | Bekri, Soumeya | Afonso, Carlos | Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU) | CHU Rouen ; Normandie Université (NU) | Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA) ; Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF) ; Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M) ; Université de Caen Normandie (UNICAEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN) ; Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH) ; Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN) ; Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN) ; Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH) ; Normandie Université (NU)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Ingénierie Procédés Aliments (GENIAL) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Conservatoire National des Arts et Métiers [Cnam] (Cnam)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA) | Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND) ; Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Team 4 NeoVasc - Region Team ERI 28 INSERM (Neovasc) ; Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND) ; Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Laboratoire de biochimie générale [Rouen] ; CHU Rouen ; Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN) ; Normandie Université (NU)
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. High-resolution mass spectrometry coupled with pattern recognition techniques is an established tool to perform comprehensive metabolite profiling of biological datasets. This paves the way for new, powerful and innovative diagnostic approaches in the post-genomic era and molecular medicine. However, interpreting untargeted metabolomic data requires robust, reproducible and reliable analytical methods to translate results into biologically relevant and actionable knowledge. The analyses of biological samples were developed based on ultra-high performance liquid chromatography (UHPLC) coupled to ion mobility - mass spectrometry (IM-MS). A strategy for optimizing the analytical conditions for untargeted UHPLC-IM-MS methods is proposed using an experimental design approach. Optimization experiments were conducted through a screening process designed to identify the factors that have significant effects on the elected responses (total number of peaks and number of reliable peaks). For this purpose, full and fractional factorial designs were used while partial least squares regression was used for experimental design modeling and optimization of parameter values. The total number of peaks yielded the best predictive model and is used for optimization of parameters setting.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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