Taxonomie intégrative de la tribu des Rattini (Rodentia, Muridae) en Asie du Sud-Est

français. L’ Asie du Sud-Est est un point chaud de la biodiversité et, dans le même temps, cetterégion est un foyer actif d’émergence ou de réémergence de zoonoses (SRAS, grippesaviaires, leptospirose, roboviroses etc..). Le développement économique sans précédent et lacroissance démographique humaine que connait la zone biogéographique indochinoise sontun moteur de changements considérables des écosystèmes. Dans le contexte du changementglobal, il est primordial de comprendre comment ces modifications environnementalesmodifient les interactions entre les communautés d’hôtes et leurs communautés deparasites/pathogènes afin d’appréhender les transformations du paysage épidémiologique.Certaines espèces, qui sont des réservoirs de zoonoses constituent, de par leur mode de vie etleur statut de gibier des modèles particulièrement intéressants à étudier dans ce cadre. C’est lecas, pour la zone étudiée, des rongeurs et plus particulièrement des représentants de deuxtribus de la sous-famille des Murinae : les Rattini et les Murini. La première partie de cemémoire porte sur ces deux tribus, particulièrement diversifiés en Asie du Sud-Est. L’objectifa été d’étudier la faisabilité d’un outil d’identification web-service innovant basé sur lamorphométrie. Cet outil viendra compléter des réalisations qui lui sont antérieures à savoir :un guide d’identification de terrain et un premier outil web-service basé sur l’identificationmoléculaire. Ces productions formeront un ensemble cohérent d’outils d’identificationpermettant d’offrir à la communauté des personnes désireuses d’étudier les rongeurs de lazone des accès multiples et adaptés à une identification de qualité. Pour la réalisation de cetoutil d’identification morphométrique, nous avons tout d’abord étudié quels sont les facteursintra et inter-spécifiques qui influencent la variation morphologique des espèces de rongeurs.Cette étude, au travers d’une approche de systématique intégrative a ainsi contribué à lastabilisation de la taxonomie des Rattini. L’étude morphométrique est entièrement basée surun jeu de données de six cent soixante individus qui appartiennent à dix-sept espèces.L’ensemble des individus a fait au préalable l’objet d’une identification moléculaire réalisée àl’aide d’un gène mitochondrial. Dans le cadre de la création du web-service morphométrique,les sources d’erreurs relatives à la comparaison de jeux de données produits par desopérateurs différents sont identifiées et encadrées car elles pourraient compromettrel’identification des individus. Des seuils d’assignation sont également définis pour permettre àl’outil de gérer la confrontation avec des espèces qui ne sont pas représentées dans le jeu dedonnées de référence. Dans un second temps nous avons souhaité replacer la disparitémorphologique observée chez les espèces actuelles dans un contexte évolutif. L’objectif étaitde comprendre les patrons macro-évolutifs qui ont potentiellement gouverné la mise en placede la variation morphologique et ainsi d’évaluer le rôle de l’environnement sur celle-ci.