Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study
2013
Martin, Jean-Charles | Maillot, Mathieu | Mazerolles, Gerard | Verdu, Alexandre | Lyan, Bernard | Migné, Carole | Defoort, Catherine | Canlet, Cécile | Junot, Christophe | Guillou, Claude | Manach, Claudine | Jabob, Daniel | Jouan-Rimbaud Bouveresse, Delphine | Rathahao-Paris, Estelle | Pujos-Guillot, Estelle | Jourdan, Fabien | Giacomoni, Franck | Courant, Frédérique | Fave, Gaelle | Le Gall, Gwenaëlle | Chassaigne, Hubert | Tabet, Jean-Claude | Martin, Jean-Francois | Antignac, Jean-Philippe | Shintu, Laetitia | Defernez, Marianne | Philo, Mark | Alexandre Gouaubau, Marie-Cécile | Amiot-Carlin, Marie Josephe | Bossis, Mathilde | Triba, Mohamed | Stojilkovic, Nathali | Banzet, Nathalie | Molinié, Roland | Bott, Romain | Goulitquer, Sophie | Caldarelli, Stefano | Rutledge, Douglas | Nutrition, obésité et risque thrombotique (NORT) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | Sciences Pour l'Oenologie (SPO) ; Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro) | bruker | Unité de Nutrition Humaine (UNH) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université | Toxicologie Alimentaire (UTA) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB) | Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) ; Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institute for Health and Consumer Protection ; Joint Research Centre of the European Commission | Biologie du fruit et pathologie (BFP) ; Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB) | Ingénierie Procédés Aliments (GENIAL) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Conservatoire National des Arts et Métiers [Cnam] (Cnam)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA) | Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA) ; École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Norwich Research Park ; Institute of Food Research [Norwich] ; Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)-Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) | Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM) ; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institut des Sciences Moléculaires de Marseille (ISM2) ; Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Chimie, Structures et Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques (CSPBAT) ; Université Paris 13 (UP13)-Institut Galilée-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire des Courses Hippiques (LCH) ; Fédération Nationale des Courses Françaises | Biologie des Plantes et Innovation - UR UPJV 3900 (BIOPI) ; Université de Picardie Jules Verne (UPJV) | Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR) ; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
This work was presented at the 6th Journée Scientifique du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Nantes, May 2012 and at the 8th International Conference of the Metabolomics Society, Washington, June 2012<br/>This work was presented at the 6th Journée Scientifique du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Nantes, May 2012 and at the 8th International Conference of the Metabolomics Society, Washington, June 2012
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. The metabo-ring initiative brought together five nuclear magnetic resonance instruments (NMR) and 11different mass spectrometers with the objective of assessing the reliability of untargeted metabolomics approaches in obtaining comparable metabolomics profiles. This was estimated by measuring the proportion of common spectral information extracted from the different LCMS and NMR platforms. Biological samples obtained from 2 different conditions were analysed by the partners using their own inhouse protocols. Test #1 examined urine samples from adult volunteers either spiked or not spiked with 32 metabolite standards. Test #2 involved a low biological contrast situation comparing the plasma of rats fed a diet either supplementedor not with vitamin D. The spectral information from each instrument was assembled into separate statisticalblocks. Correlations between blocks (e.g., instruments) were examined (RV coefficients) along with the structure of the common spectral information (common components and specific weights analysis). In addition, in Test #1, an outlier individual was blindly introduced, and its identification by the various platforms was evaluated. Despite large differences in the number of spectral features produced after post-processing and the heterogeneity of the analytical conditions and the data treatment, the spectral information both within (NMR and LCMS) and across methods (NMR vs. LCMS) was highly convergent (from 64 to 91 % on average). No effect of the LCMS instrumentation (TOF, QTOF, LTQ-Orbitrap) was noted. The outlier individual was best detected and characterised by LCMS instruments. In conclusion, untargeted metabolomics analyses report consistent information within and across instruments of various technologies, even without prior standardisation.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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