The automated Galaxy-SynBioCAD pipeline for synthetic biology design and engineering
2022
Hérisson, Joan | Duigou, Thomas | Du Lac, Melchior | Bazi-Kabbaj, Kenza | Azad, Mahnaz Sabeti | Buldum, Gizem | Telle, Olivier | El-Moubayed, Yorgo | Carbonell, Pablo | Swainston, Neil | Zulkower, Valentin | Kushwaha, Manish | Baldwin, Geoff S. | Faulon, Jean-Loup | Laboratoire de Biologie Synthétique et Systémique (LiSSB) ; Génomique métabolique (UMR 8030) ; Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS) ; AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Amyris Inc | Imperial College London | University of Manchester [Manchester] | Instituto de Investigación para la Gestión Integrada de Zonas Costeras [Universitat Politècnica de València] (IGIC) ; Universitat Politècnica de València = Universitad Politecnica de Valencia = Polytechnic University of Valencia (UPV) | University of Liverpool | The University of Edinburgh | ANR-21-CE48-0003,DREAMY,Algorithmes distribués pour les systèmes microbiologiques(2021) | ANR-21-ESRE-0021,ALADIN,Activ Learning to Accelerate Biocatalyst Development For Industrial biotechnology(2021)
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. Here we introduce the Galaxy-SynBioCAD portal, a toolshed for synthetic biology, metabolic engineering, and industrial biotechnology. The tools and workflows currently shared on the portal enables one to build libraries of strains producing desired chemical targets covering an end-to-end metabolic pathway design and engineering process from the selection of strains and targets, the design of DNA parts to be assembled, to the generation of scripts driving liquid handlers for plasmid assembly and strain transformations. Standard formats like SBML and SBOL are used throughout to enforce the compatibility of the tools. In a study carried out at four different sites, we illustrate the link between pathway design and engineering with the building of a library of E. coli lycopene-producing strains. We also benchmark our workflows on literature and expert validated pathways. Overall, we find an 83% success rate in retrieving the validated pathways among the top 10 pathways generated by the workflows.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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