Optimización de la técnica de PCR Punto Final y Tiempo Real para la detección de Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Gallinarum en aislamientos bacterianos y tejidos biológicos obtenidos a partir de aves de corral

Leza Leza, M. T. (2020). Optimización de la técnica de PCR Punto Final y Tiempo Real para la detección de Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Gallinarum en aislamientos bacterianos y tejidos biológicos obtenidos a partir de aves de corral. (Tesis de Licenciatura). Universidad Nacional, Heredia, Costa Rica. *Modalidad Pasantía*

Las especies del género Salmonella son importantes patógenos zoonóticos que ocasionan grandes pérdidas económicas y problemas sanitarios en todo el mundo. Dentro de estas se encuentra Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Gallinarum biotipo Gallinarum y biotipo Pullorum. Las enfermedades causadas por este serotipo son responsables de una elevada mortalidad en aves de corral generando daños económicos para los avicultores. Además, es de importancia epidemiológica y de reporte obligatorio por los servicios nacionales de salud veterinaria. En el presente estudio se llevó a cabo la estandarización de la PCR Punto Final y Tiempo Real (qPCR) para la detección de Salmonella Gallinarum/Pullorum en muestras de cultivo bacteriano y de tejidos biológicos provenientes de aves de corral con sintomatología sospechosa y previamente confirmadas como positivas. Para la PCR Punto Final se obtuvo una repetibilidad, especificidad y sensibilidad del 100%, y un valor Kappa de 0.98 para la reproducibilidad. Mientras que, para la PCR Tiempo Real se obtuvo una eficiencia del 103% y valores del coeficiente de variación menores al 6% para la repetibilidad y reproducibilidad. El límite de detección de ADN genómico fue de 6.4 pg/μL y el del número de células viables de 3x102 UFC/mL para la PCR Punto Final y de 10 copias de ADN por reacción para la qPCR. Mediante la secuenciación y análisis de los productos de PCR, el árbol filogenético obtenido posicionó a las cepas estudiadas junto con las del serotipo S. Gallinarum, corroborando su identidad. Además, se demostró la aplicabilidad de la técnica mediante la amplificación de muestras de tejido biológico. Por lo tanto, se logra optimizar una técnica molecular que permite una detección rápida, confiable y sensible de Salmonella Gallinarum/Pullorum, lo cual reducirá el tiempo de espera para tomar acción en casos de sospecha clínica y posibles brotes.

Species of the genus Salmonella are important zoonotic pathogens that cause great economic losses and health problems throughout the world. Among these is Salmonella enterica subsp. enterica serotype Gallinarum biotype Gallinarum and biotype Pullorum. The diseases caused by this serotype are responsible for a high mortality in poultry generating economic damages for poultry farmers. In addition, it is of epidemiological importance and mandatory reporting by the national veterinary health services. In the present study, the standardization of the End Point and Real Time PCR (qPCR) was carried out for the detection of Salmonella Gallinarum / Pullorum in bacterial culture samples and biological tissues from poultry with suspicious symptoms and previously confirmed as positive. For the Final Point PCR, a repeatability, specificity and sensitivity of 100% were obtained, and a Kappa value of 0.98 for reproducibility. While, for Real Time PCR, an efficiency of 103% and coefficient of variation values ​​lower than 6% were obtained for repeatability and reproducibility. The detection limit of genomic DNA was 6.4 pg / μL and that of the number of viable cells was 3x102 CFU / mL for the Endpoint PCR and 10 copies of DNA per reaction for the qPCR. By sequencing and analyzing the PCR products, the phylogenetic tree obtained positioned the studied strains together with those of the S. Gallinarum serotype, corroborating their identity. Furthermore, the applicability of the technique was demonstrated by amplifying biological tissue samples. Therefore, it is possible to optimize a molecular technique that allows a rapid, reliable and sensitive detection of Salmonella Gallinarum / Pullorum, which will reduce the waiting time to take action in cases of clinical suspicion and possible outbreaks.

Universidad Nacional, Costa Rica

Escuela de Ciencias Biológicas