Cryptosporidium -alkueläimen esiintyminen rantalaitumilla

Cryptosporidium -alkueläin on zoonoottinen selkärankaisten taudinaiheuttajamikrobi. Alkueläin on geneettisesti erittäin monimuotoinen, ja sen vuoksi sillä on laaja isäntäkirjo. Cryptosporidium -alkueläin infektoi ruuansulatuskanavan soluja ja aiheuttaa siten kryptosporidioosiksi kutsuttua ripulitautia. Kryptosporidioosi on ympäri maailmaa merkittävä vesi- ja elintarvikevälitteinen tartuntatauti, ja lisäksi tartunta voi syntyä myös esimerkiksi ihmisten ja eläinten välisessä kontaktissa. Viime vuosien aikana kryptosporidioositartuntojen määrä on Suomessa kasvanut merkittävästi ja Cryptosporidium -alkueläin aiheuttaa kasvavan tautiuhan niin ihmisille kuin eläimillekin. Cryptosporidium -alkueläimestä tunnetaan kymmeniä lajeja ja genotyyppejä, ja eri lajit ovat infektiivisiä eri isännille. Ihmisten kryptosporidioositapausten kannalta tärkeimmät lajit ovat Cryptosporidium hominis (C. hominis), sekä Cryptosporidium parvum (C. parvum). C. parvum on ihmisten lisäksi taudinaiheutuskykyinen myös märehtijöille, minkä vuoksi tartunnat ihmisten ja märehtijöiden välillä ovat mahdollisia. Märehtijöiden aiheuttamien tartuntojen, erityisesti vesivälitteisten tartuntojen, riski tunnetaan kuitenkin huonosti. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli kartoittaa Cryptosporidium -alkueläimen esiintymistä Suomen rantalaitumilla ja pyrkiä siten arvioimaan alkueläimen aiheuttamaa infektioriskiä. Hypoteesina oli, että Cryptosporidium -alkueläintä esiintyy Suomen rantalaitumilla, ja on mahdollista, että mukana on myös ihmiselle infektiivisiä kantoja. Tutkielman aineisto koostui 101:stä nautojen ja 93:sta lampaiden lantanäytteestä. Näytteitä kerättiin kahtena kesänä, vuosina 2021 ja 2022. Näytteet kerättiin Pohjois-, Etelä-, sekä Sisä-Suomessa sijaitsevilta rantalaitumilta. Lantanäytteistä eristettiin kokonais-DNA ja Cryptosporidium -positiiviset näytteet tunnistettiin Cry18S-qPCR-analyysin, sekä sisäkkäisen 18S-PCR-analyysin perusteella. Cryptosporidium -positiivisiksi todetut lantanäytteet lähetettiin sekvensoitavaksi lajitunnistusta varten. Lajitunnistus perustui 18S rRNA -geenin osittaiseen sekvensointiin. Sekvensointitulosten avulla pyrittiin vertailemaan eri Cryptosporidium -lajien esiintyvyyttä sekä laidunkauden alku- ja loppupuolen välillä, että maantieteellisesti. Cry 18S-qPCR-analyysin perusteella 81,4 (75,3-86,7) %, sisäkkäisen 18S-PCR-analyysin perusteella 55,7 (48,4-62,8) % ja sekvensointitulosten perusteella 6,7 (3,6-11,2) % näytteistä todettiin Cryptosporidium -positiivisiksi. Hypoteesin mukaisesti Cryptosporidium -positiivisten näytteiden osuus oli melko suuri. Cryptosporidium -positiivisten näytteiden osuus on suurempi laidunkauden loppu- kuin alkupuolella. Sekvensointitulosten avulla lajintunnistus onnistui viiden lampaan ja kahdeksan naudan lantanäytteen osalta. Kaikista lampaiden lantanäytteistä tunnistettiin lampaille tyypillinen Cryptosporidium xiaoi (C. xiaoi) -laji ja lähes kaikista nautojen lantanäytteistä puolestaan näille tyypillinen Cryptosporidium bovis (C. bovis) -laji. Lajintunnistuksen tulokset olivat osittain ristiriidassa hypoteesin kanssa, sillä nämä lajit eivät pääasiassa ole ihmiselle infektiivisiä. Tämän lisensiaatin tutkielman perusteella Cryptospordium -alkueläin on tavallinen löydös märehtijöiden lantanäytteistä, mutta kaikki Cryptosporidium -positiiviset löydökset eivät aiheuta ihmiselle infektioriskiä.