Generic and queryable data integration schema for transcriptomics and epigenomics studies
2024
Tirlet, Yael | Boudet, Matéo | Becker, Emmanuelle | Legeai, Fabrice | Dameron, Olivier | Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss) ; Centre Inria de l'Université de Rennes ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7) ; Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA) ; Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique) ; Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; 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Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT) | ANR-22-CE20-0005,ENDOVIRE,Cohabitation génomique insecte-virus: qui régule qui?(2022)
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. The expansion of multi-omics datasets raises significant challenges for data integration and querying. To overcome these challenges, we developed a generic RDF-based integration schema that connects various types of differential -omics data, epigenomics, and regulatory information. This schema employs the FALDO ontology to enable querying based on genomic locations. It is designed to be fully or partially populated, providing both flexibility and extensibility while supporting complex queries. We validated the schema by reproducing two recently published studies, one in biomedicine and the other in environmental science, proving its genericity and its ability to integrate data efficiently. This schema serves as an effective tool for managing and querying a wide range of multi-omics datasets.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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