Transmission ecology of parasites (viruses, nematodes) among a cylic rodent community. Consequences for human public health. | Ecologie de la transmission de parasites (virus, nématodes) au sein d'une communauté de rongeurs cycliques. Conséquences pour la santé humaine.

anglais. Several rodent species exhibit cyclic variations of their population densities. These demographic cycles, by increasing contacts between humans and animals, can influence the emergence of zoonoses. This thesis takes part in conservation medicine. This approach aims to study human health by considering also animal health and ecosystem dynamics. In this context, I studied a community of parasites found in a community of cyclic rodents to identify the reservoirs of zoonosis agents and the parasites, which may have a role in rodent demographic cycles. I focused on a rodent community including the fossorial water voles, the common voles, the bank voles, the yellow necked mice and the wood mice in Franche-Comté (East of France). The results and the epizootiologic surveys presented here bring insights into the biotic and abiotic risks associated with emergence of zoonoses.<br />Three zoonosis agents were detected: two hantaviruses (Puumala virus and Tula virus) and Cowpox virus. Host dispersal and social behaviour are important for the transmission of the specific hantaviruses and of the non specific Cowpox virus. These viruses are principally detected in forest area. Rodents from forested areas present a different parasite community from rodents found in meadows. Infestations with helminths are more frequent in meadows than in forest. An immunogenetic study revealed susceptibility or resistance alleles for viral infections. Helminths and mites could also have a protective or an enhancing role in viral infections. One of these helminths could have a role in its host dynamics. Using experimental work and modelling, I demonstrate the impact of the non specific nematode T. arvicolae on common vole fecundity and its regulator role for arvicoline populations. <br />This thesis provides essential knowledge to evaluate the importance of biodiversity and community ecology in the management of human zoonosis risk factors.

français. De nombreuses espèces de rongeurs montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l'émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l'Homme et l'animal. Cette thèse s'inscrit dans le domaine de l'écologie de la santé qui étudie les interactions entre santé humaine, santé animale et dynamique des écosystèmes. Dans ce cadre, j'ai étudié la communauté de parasites d'une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d'identifier les réservoirs d'agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Je me suis intéressée à trois espèces de campagnols et à deux espèces de mulots en Franche-Comté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés permettent d'inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l'émergence de ces zoonoses.<br />Trois agents de zoonoses sont présents : deux hantavirus (virus Puumala et Tula) et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus spécifiques (hantavirus) et non spécifique (virus Cowpox). Ces virus sont majoritairement trouvés en milieu forestier. Les communautés de parasites détectées en forêt et en prairie sont différentes. Les infestations par des helminthes sont plus nombreuses en prairie qu'en forêt. Une étude immunogénétique montre l'existence d'allèles de susceptibilité et de résistance aux agents de zoonoses étudiés. Des helminthes ou des acariens pourraient aussi intervenir dans l'infection par ces virus. Un de ces helminthes pourrait être impliqué dans la dynamique de ses hôtes. Mes travaux expérimentaux et de modélisation montrent l'impact du nématode non spécifique Trichuris arvicolae sur la reproduction du campagnol des champs et son rôle régulateur pour les populations d'arvicolinés. <br />Cette thèse contribue à montrer l'importance de la biodiversité et de l'écologie des communautés pour évaluer et gérer les risques pour l'Homme vis-à-vis de zoonoses.