The Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes
2015
Belkorchia, Abdel | Gasc, Cyrielle | Polonais, Valérie | Parisot, Nicolas | Gallois, Nicolas | Ribière, Céline | Lerat, Emmanuelle | Gaspin, Christine | Pombert, Jean-François | Peyret, Pierre | Peyretaillade, Eric | Gibas, Cynthia | Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE) ; Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (CIDAM) ; Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA) | Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon) ; Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA) | Eléments transposables, évolution, populations [LBBE] ; Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG) ; Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | Direction Generale de l'Armement (DGA)
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. The proper prediction of the gene catalogue of an organism is essential to obtain a representative snapshot of its overall lifestyle, especially when it is not amenable to culturing. Microsporidia are obligate intracellular, sometimes hard to culture, eukaryotic parasites known to infect members of every animal phylum. To date, sequencing and annotation of microsporidian genomes have revealed a poor gene complement with highly reduced gene sizes. In the present paper, we investigated whether such gene sizes may have induced biases for the methodologies used for genome annotation, with an emphasis on small coding sequence (CDS) gene prediction. Using better delineated intergenic regions from four Encephalitozoon genomes, we predicted de novo new small CDSs with sizes ranging from 78 to 255 bp (median 168) and corroborated these predictions by RACE-PCR experiments in Encephalitozoon cuniculi. Most of the newly found genes are present in other distantly related microsporidian species, suggesting their biological relevance. The present study provides a better framework for annotating microsporidian genomes and to train and evaluate new computational methods dedicated at detecting ultra-small genes in various organisms.
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Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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