Grape clonal selection and identification using recent genomic tools | Identification et sélection intra-variétale de la vigne à l'aide des outils génomiques actuels

anglais. Viticulture represents one of the most important fruit productions in the world. Thousands of varieties of Vitis vinifera (grape varieties) exist but only thirteen varieties represent more than a third of the world's wine area. The creation of a grape variety is the result of a sexual event between two parents, but its propagation is carried out by vegetative multiplication. The succession of these multiplication events induces a genetic polymorphism leading to an intra-varietal diversity that is of interest to producers and which has been the subject of important selection work by national and regional organizations. Numerous studies have made it possible to specify the nature of the genetic polymorphisms responsible for intra-varietal polymorphism and have significantly advanced genetic knowledge. However, traditional ampelography is not adequate to distinguish between clones and there is not yet a reliable methodology to identify and select clones. The main objective of this project is to use the latest genetic sequencing techniques to identify clones of the same grape variety. Moreover, based on precise phenotyping work of a privat collection of 'Merlot' accessions, this research project also wishes to study the association between the genetic polymorphism highlighted and the phenotypic variations observed for traits of viticultural and oenological interest.

français. La culture de la vigne représente l'une des plus importantes productions fruitières au niveau mondial. Des milliers de variétés de Vitis vinifera (cépages) existent mais seulement treize variétés représentent plus d'un tiers de la superficie viticole mondiale. La création d'un cépage résulte d'un évènement sexué entre deux parents, mais sa propagation se fait par multiplication végétative. La succession de ces évènements de multiplication induit un polymorphisme génétique conduisant à une diversité intra-variétale intéressante pour les producteurs et qui a fait l'objet d'importants travaux de sélection par des organisations nationales et régionales. De nombreux travaux ont permis de préciser la nature des polymorphismes génétiques responsables du polymorphisme intra-variétal et ont fait progresser de façon notable les connaissances génétiques. Toutefois, l'ampélographie traditionnelle n'est pas suffisante pour distinguer les clones entre eux et il n'existe pas encore de méthodologie fiable pour identifier et sélectionner les clones. Le présent projet a pour objectif principal d'utiliser les dernières techniques de séquençage génétique pour identifier les clones d'un même cépage. De plus, en se basant sur des travaux de phénotypage précis d'une collection d'accession privée de Merlot, ce projet de recherche souhaite également étudier l'association entre le polymorphisme génétique mis en évidence et les variations phénotypiques observées pour des caractères d'intérêt viticole et oenologique