Combined effect of genetics and intestinal microbiota on variability in vaccine response and their impact on welfare in chicken | Effet combiné de la génétique et du microbiote intestinal sur les variations de la réponse vaccinale et leur impact sur le bien-être chez la poule

anglais. Vaccination is one of the most effective strategies for preventing infectious diseases. However, the efficacy of most vaccines is variable, due to genetic variations in the host and probably also to variations in the gut microbiota. Studying the combined effects of these two factors on vaccine response is a novel and integrated strategy. This project was based on the study of 4 lines of laying hens, including both experimental and commercial lines. We studied the impact of a strong disturbance of the intestinal microbiota (by a model of treatment with antibiotics) and of a change in the rearing environment (with access to an outdoor range) on the vaccine response and, more generally, on immunocompetence.To assess animal welfare, we also conducted behavioral studies. The aims of this thesis were: (1) to assess the impact of genetics on gut microbiota, vaccine response, immunocompetence and behavior; (2) to study the impact of microbiota disturbance on these parameters; (3) to assess the impact of outdoor rearing on these parameters. Finally, this work has contributed to the identification of the best levers (genetics, microbiota, rearing environment) that can be combined to raise more robust animals, with better health and optimized welfare.

français. La vaccination est l'une des stratégies les plus efficaces pour la prévention des maladies infectieuses. Cependant, la plupart des vaccins présentent une efficacité variable, sous l'effet des variations génétiques de l'hôte et probablement aussi des variations du microbiote intestinal. Étudier les effets combinés de ces deux facteurs sur la réponse vaccinale constitue une stratégie intégrée et novatrice. Ce projet a reposé sur l'étude de 4 lignées de poule pondeuses, expérimentales ou commerciales. Nous avons étudié l'impact d'une forte perturbation du microbiote intestinal (par un modèle de traitement par antibiotiques) et d'un changement de l'environnement d'élevage (avec accès à un parcours extérieur) sur la réponse vaccinale et plus généralement sur l'immunocompétence.Pour évaluer le bien-être des animaux, nous avons également mené des études comportementales. Les objectifs de cette thèse étaient : (1) d'évaluer l'impact de la génétique sur le microbiote intestinal, la réponse vaccinale, l'immunocompétence et le comportement ; (2) d'étudier l'impact d'une perturbation du microbiote sur ces paramètres ; (3) d'évaluer l'impact de l'élevage à l'extérieur sur ces paramètres. Finalement, ces travaux ont contribué à l'identification des meilleurs leviers (génétique, microbiote, environnement d'élevage) qui peuvent être combinés pour élever des animaux plus robustes, avec une meilleure santé et un bien-être optimisé.