CINDERELLA A semi-automatic user-friendly tool for curation of mass spectrometry metabolomic data
2024
Lacrampe, Nathalie | Goddard, Mary-Lorène | Laboratoire d'innovation moléculaire et applications (LIMA) ; Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé (LI-MS) ; Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) ; Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-IDF ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Laboratoire Vigne Biotechnologie et Environnement (LVBE) ; Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)) | Rectorat de l'Académie de Strasbourg
International audience
Afficher plus [+] Moins [-]anglais. In non-targeted metabolomics, the automatic pre-processing of mass spectrometry data, coupled with liquid or gas chromatography, is of great importance to highlight true biomarkers of interest while limiting false positives or false negatives. Many software offer more or less robust algorithms for the pre-processing stages (peak detection, alignment and integration), which generate hundreds or even thousands of features, but do not necessarily integrate pre-treatment (or cleaning) methods. In fact, a significant proportion of the signals extracted at the end of data pre-processing still need to be corrected or eliminated before the data can be statistically processed. Existing automated tools are often too strict and lack in visualisation steps. Thus, we are developing CINDERELLA (Comprehensive INtegrated Data Editing and Refinement for metabolomics by ELiminating Low-quality signals and Artifacts), an R tool with a user-friendly interface for semi-automatic and supervised artifact elimination. Based on pre-processed data and sample metadata, CINDERELLA can, at the user's request, (i) remove features and/or samples containing too many missing values and replace the remaining missing values so as not to impact statistical tests, (ii) perform sample normalisation with the internal standard values and/or the amount of biological samples, (iii) correct batch effects, (iv) filter out artifacts and biologically irrelevant signals and (v) assess the quality of the remaining features. Each step is accompanied by interactive decision-support tables and graphs, which are compiled in an automatic output report for monitoring the data treatment process.
Afficher plus [+] Moins [-]Mots clés AGROVOC
Informations bibliographiques
Cette notice bibliographique a été fournie par Institut national de la recherche agronomique
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