Bu çalışmada, geleneksel yöntemle üretilmiş zeytin ve elma sirke biyofilmlerindeki bakteriyel popülasyon farklılıkları; türlerinin izolasyonu, bakteriyel 16S rRNA geninin V3 bölgesinin PZR (Polimer Zincir Reaksiyonu) amplifikasyonu ve ardından DGJE (Denatüre Edici Gradyan Jel Elektroforezi) ile PZR DGJE (Polimeraz Zincir Reaksiyonu Denatüre Edici Gradyan Jel Elektroforez) yöntemiyle belirlenerek, DNA dizi analizleriyle tanımlanmıştır. Elde edilen diziler, BLAST (Basic Local Alignment Search Tool = Temel Bölgesel Hizalama Arama Aracı) analizi ile hizalanmıştır. Filogenetik analiz için MEGA X (Molecular Evolutionary Genetics Analysis, X) programı kullanılmıştır. Zeytin sirkesi örneklerinde Komogataeibacter rhaeticus baskın tür olarak, elma sirke örneklerinde ise sirke bakterisi olarak bilinen Komogataeibacter xylinus (Gluconacetobacter) baskın tür olarak tespit edilmiştir. Geleneksel üretim yöntemiyle üretilen sirkelerdeki bakteriyel türlerin tanımlanması ve izolasyonu ile bu bakteriler kültür olarak depolanmıştır.