Resumo: A busca por fontes de energia renováveis tem aumentado a demanda mundial de etanol. O Brasil é o segundo maior produtor; porém, os custos para transportar a produção são cada vez mais altos. O objetivo do presente artigo é analisar as alternativas de transporte para o etanol frente às condições da logística vigentes no Brasil. Para tanto, propõe-se a aplicação de um modelo de equilíbrio parcial na forma de um Problema de Complementaridade Mista (PCM). Foram avaliados três cenários: o primeiro representa uma perspectiva atual e vigente, em que são praticadas rotas rodoviárias e rodoferroviárias. No Cenário 2 estimou-se uma redução de 15% no valor do frete ferroviário e, no Cenário 3, são incluídos novos projetos dutoviários em curso no País. O Cenário 3 apresentou os melhores volumes de comercialização, com aumento de 0,20% em relação ao cenário-base e um aumento nas divisas de 27 milhões de dólares, indicando que os projetos viários que priorizam a intermodalidade, sobretudo através da dutovia, implicam reduções no custo de transporte e conferem melhoria na eficiência do sistema logístico. Como proposta futura, sugere-se a inclusão do subsídio norte-americano para o etanol, pois tal parâmetro pode alterar a competitividade brasileira.