The state of Minas Gerais is one of the main milk producers in the country. Therefore, the characterization of its milk basins in relation to the dominant microbiota type is necessary to guide the choice of practices implemented in a milk quality improvement and mastitis control program. The water used in the dairy farm is a factor that may interfere with the microbiological quality of the milk, but studies on the influence of water and milk microbiome have not been described. Thus, the present study had as objectives: to evaluate the quality and microbioma of refrigerated raw milk samples and water from dairy farms; establish associations between management measures, present microbiota and determine the risk factors related to the presence and distribution of microorganisms and the loss of milk quality. The collection of 22 milk samples and 22 water samples from 11 farms from the Sete Lagoas region of Minas Gerais state was carried out in two stages, in May and September, totaling 44 samples. They were sent to the laboratory Neoprospecta, Santa Catarina, where the media enrichment, DNA extraction and sequencing of v3-v4 hypervariable regions were performed. The data obtained were sent to bioinformatics analysis at the University of Montreal, Canadá. In the bioinformatics processing the tests were performed for alpha diversity (Chao, Shannon, Simpson), and for beta diversity (Principal Coordinate Analysis - PCoA). Statistical tests AMOVA and Parsinomy were also applied. All tests showed a statistical difference between the milk and water communities (p < 0.001). However, when both lees and water samples were compared at both collection times, there was no statistical difference between the communities (p > 0.05). These analyzes demonstrate that, in this case, the microbiota found in water did not influence the microbiota found in milk. In addition, the microbiota of both milk and water perishes to have the same composition, statistically speaking, when analyzed at different times of collection. In addition to the samples for analysis of the metagenome of the 16S gene, samples of milk were collected for analysis of composition, somatic cell count (SCC), total bacterial count (TBC), isolation of pathogens, counting of psychrotrophs. Water samples were also collected to perform microbiological analyzes for the identification and counting of coliforms, heterotrophic bacteria, E. coli and physico-chemical analyzes for turbidity and hardness. Metadata was also collected using a checklist to characterize the practices of property management and obtain the historical quality of milk from the last two years of the properties visited. All these data were described and analyzed in the descriptive statistics. It was observed that according to the microbiological standards determined for water, 45% of the samples in the first collection and 64% in the second collection were in disagreement with the brazilian legislation. By crossing the data of the isolated microorganisms, SCC and TBC values, using a multivariate analysis, it was possible to observe in the generated graph a tendency of correlation between samples positive for microorganisms like Klebsiella, Staphylococcus aureus with samples with high SCC (> 400,000 cels./mL) and high TBC (> 5,000 CFU/mL). This result corroborates with findings in the literature that the presence of some groups of bacteria are signs that the mammary gland health is compromised. | O estado de Minas Gerais é um dos principais produtores de leite do país. Por isso, a caracterização de suas bacias leiteiras quanto ao tipo de microbiota dominante é necessária para orientar a escolha das práticas implantadas em um programa de melhoria da qualidade do leite e de controle da mastite. A água utilizada na propriedade leiteira é um fator que pode interferir na qualidade microbiológica do leite, mas trabalhos relacionando a influência do microbioma da água com a do leite não têm sido descritos. Desta forma, o presente estudo teve como objetivos: avaliar a qualidade e o microbioma de amostras de leite de tanques refrigeradores e de água de propriedades leiteiras; estabelecer associações entre medidas de manejo, microbiota presente e determinar os fatores de risco relacionados à presença e distribuição dos microrganismos e à perda de qualidade do leite. Realizou-se a coleta de 22 amostras de leite e 22 amostras de água de 11 propriedades da região de Sete Lagoas, Minas Gerais em duas etapas, nos meses de maio e de setembro, totalizando 44 amostras. Elas foram enviadas ao laboratório Neoprospecta, Santa Catarina, onde foram realizadas as etapas de enriquecimento do meio, extração do DNA, sequenciamento das regiões hipervariáveis v3-v4 do gene rRNA 16S. Os dados obtidos foram enviados para análise de bioinformática na Universidade de Montreal, Canadá. No processamento de bioinformática foram realizados os testes para alfa diversidade (Chao, Shannon, Simpson) e beta diversidade (teste de Análises de Coordenadas Principais - PCoA). Aplicaram-se também os testes estatísticos AMOVA e Parsinomy. Todos os testes demonstraram diferença estatística entre as comunidades existentes no leite e na água (p<0,001). Porém, quando foram comparadas as amostras, tanto de leite quanto de água, nos dois tempos de coleta, não houve diferença estatística entre as comunidades (p > 0,05). Essas análises demonstram que, nesse caso, a microbiota encontrada na água não influenciou a microbiota encontrada no leite. Além disso, a microbiota tanto do leite quanto da água parece ter a mesma composição (p > 0,05), quando analisada em diferentes tempos de coleta. Além das coletas para análise da metagenoma do gene rRNA 16S, foram coletadas amostras de leite para as análises de composição, contagem de células somáticas (CCS), contagem bacteriana total (CBT), isolamento de patógenos de importância na etiologia da mastite e contagem de microrganismos psicrotróficos. Também foram coletadas amostras de água para a realização de análises microbiológicas (identificação e contagem de coliformes, bactérias heterotróficas e E. coli) e análises físico-químicas (turbidez e dureza). Coletaram-se metadados por meio de um checklist de caracterização das práticas de manejo da propriedade e obtenção do histórico da qualidade do leite, dos últimos dois anos, das propriedades visitadas. Todos esses dados foram descritos e submetidos à análise estatística descritiva. Observou-se que, de acordo com os padrões microbiológicos determinados para a água, 45% das amostras, na primeira coleta, e 64%, na segunda coleta, estavam em desacordo com a legislação brasileira. Pela análise dos dados dos microrganismos isolados e dos valores de CCS e de CBT, utilizando análise multivariada, foi possível observar no gráfico gerado, uma tendência de correlação entre amostras positivas para microrganismos como Klebsiella, Staphylococcus aureus com amostras com CCS elevada (>400.000 cels./mL) e CBT elevada (>5.000 UFC/mL). Esse resultado corrobora com os achados na literatura de que a presença de alguns grupos de bactérias é indicativo de que a glândula mamária está com sua sanidade comprometida