Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR)

Английский. The aim of this study was to compare different DNA-extraction methods and selective enrichment broths for their effectiveness to detect Salmonella Typhimurium in artificially inoculated swine feces samples (100 CFU/g) by polymerase chain reaction. After enrichment in Rappaport-Vassiliadis, selenite cystine or Müller-Kauffmann tetrathionate, aliquots were used for DNA extraction by three different methods: boiling-centrifugation, phenol-chloroform and salting-out. Aliquots of extracted DNA were then used as template in PCR. The selective enrichment broths had no effect on the efficiency of PCR when boiling-centrifugation and salting-out were used. On the other hand, phenol-chloroform was superior (P<0.05) when combined to Rappaport-Vassiliadis. Considering cost and efficiency parameters, we encourage the use of Müller-Kauffmann tetrathionate broth in combination with boiling-centrifugation DNA-extraction procedure.

португальский. O objetivo do presente estudo foi comparar diferentes técnicas de extração de DNA, realizadas a partir de três diferentes caldos de enriquecimento seletivo, na sua eficiência em detectar Salmonella Typhimurium em amostras de fezes suínas artificialmente inoculadas (100 UFC/g), pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Após enriquecimento em Rappaport-Vassiliadis, selenito-cistina e tetrationato Müller-Kauffmann, alíquotas destes caldos foram utilizadas para extração do DNA, empregando três métodos diferentes, (a) fervura-centrifugação, (b) fenol-clorofórmio e (c) precipitação por sal. A eficiência dos métodos de extração de DNA por fervura-centrifugação e precipitação por sal foi a mesma, independentemente do caldo de enriquecimento seletivo utilizado. O caldo Rappaport-Vassiliadis apresentou maior eficiência (P<0,05) quando foi empregada a extração de DNA pelo método fenol-clorofórmio. Considerados os parâmetros custo e eficiência, os resultados do estudo indicaram que a partir de amostras fecais suínas a utilização do caldo tetrationato Müller-Kauffmann combinado a técnica de extração do DNA por fervura-centrifugação devam representar a melhor opção, relativamente às demais técnicas testadas.