Diversité génétique et capacité colonisatrice de Xanthomonas albilineans, agent causal de l'échaudure des feuilles de la canne à sucre (Saccharum spp.)

La production de la toxine albicidine et la capacité colonisatrice du feuillage de canne à sucre sont deux composantes du pouvoir pathogène de Xanthomonas albilineans. L'origine génétique de leur variabilité a été recherchée chez neuf gènes impliqués dans la biosynthèse de la toxine. L'ADN génomique total de 172 souches de X. albilineans, originaires de 24 zones géographiques différentes, a été digéré avec deux enzymes de restriction (Hinc Il et Pst I) puis hybridé avec le plasmide pALB571. Ce plasmide contient neuf des 22 gènes qui codent pour la biosynthèse de l'albicidine chez la souche Xa23R1 originaire de Floride. Onze haplotypes distincts et deux groupes génétiques majeurs, nommés ALB-RFLP571-A et ALB-RFLP571-B, ont été identifiés. Il existe une très forte correspondance entre ces deux groupes et les groupes de diversité génétique AFLP et RFLP déjà connus chez X. albilineans. Le groupe ALB-RFLP571-B est constitué presque exclusivement des souches de l'agent pathogène originaires de zones géographiques où une recrudescence de l'échaudure des feuilles a été observée au cours des quinze dernières années. En revanche, ces souches n'ont pas été différenciées de celles du groupe ALB-RFLP571-A par la quantité d'albicidine produite in vitro. Deux souches de X. albilineans ne possèdent apparemment pas les neufs gènes de biosynthèse de l'albicidine et n'ont pas produit de toxine. Le feuillage de deux cultivars de canne à sucre sensibles à la maladie a été inoculé sous serre, en Guadeloupe, avec dix souches épiphytes de X. albilineans. La progression des densités de populations bactériennes a été suivie au cours du temps par prélèvement de gouttes d'eau en surface des feuilles. Les populations foliaires de l'agent pathogène ont aussi été déterminées par broyage à la fin de l'expérimentation, trois mois après l'inoculation. Les souches de X. albilineans se sont installées sur le feuillage des deux cultivars de canne à sucre mais aucune différence significative reproductible n'a pu être mise en évidence entre elles. Au cours de notre étude, aucune relation n'a été trouvée entre la variabilité des neuf gènes impliqués dans la biosynthèse de l'albicidine et la variabilité des deux composantes du pouvoir pathogène de X. albilineans. De nouvelles connaissances ont cependant été apportées sur l'organisation des bases génétiques du pouvoir pathogène et le comportement épiphyte de l'agent pathogène. (Résumé d'auteur)