SSR-analysis of some apricot varieties (Prunus armeniaca L.) of the Dagestan eco-geographical subgroup | SSR-анализ некоторых сортов абрикоса (Prunus armeniaca L.) дагестанской эколого-географической подгруппы

Английский. Genetic studies of the Dagestan germplasm will allow to evaluate its contribution in world apricot gene pool, as well as to determine its place among varieties with different eco-geographical origin. Six SSR-markers previously elaborated on Siberian apricots were used in the genotyping of 12 apricot varieties. Much of the selected varieties were represented by local Dagestan forms. Microsatellite markers used in this study allowed to separate all varieties selected for work as genotypes with specific SSR profiles. The polymorphism level, expressed in the number of alleles per locus, had high values, based on the analysis of studies previously conducted in the world The SSR markers involved can be used in further studies aimed at analyzing the genetic diversity of the studied culture. In this study, clustering apricot varieties was used to determine related groups of varieties, based on the data SSR-genotyping. For cluster analysis was used neighbor joining (NJ) method. The clustering of the samples carried out in the work, allowed us to reveal the intermediate position of Dagestan varieties relative to varieties of different eco-geographical origin. To confirm the obtained results, the PCoA main coordinates method which reflecting the relationship of genotyped samples on the coordinate plane was additionally used. The patterns of samples distribution on the plot of coordinates revealed by PCoA generally corresponded to the clustering data using the neighbor joining (NJ). The study made it possible to evaluate the effectiveness of the SSR-markers used in the work for the genotyping of apricot varieties and to obtain information on the genetic relatedness of the local Dagestan varieties relative to other eco-geographical groups of varieties.

Русский. Генетические исследования дагестанской геноплазмы позволят оценить её вклад в мировой генофонд абрикоса, а также определить её место среди сортов различного эколого-географического происхождения. Шесть SSR-маркеров, разработанных на абрикосе сибирском, были задействованы в генотипировании 12 сортов абрикоса обыкновенного. Значительная часть отобранных сортов была представлена местными дагестанскими формами. Использованные микросателлитные маркеры позволили разделить все отобранные для работы сорта как генотипы со специфичными SSR-профилями. Уровень полиморфизма, выраженный в количестве аллелей на локус, имел высокие значения, исходя из анализа ранее проведенных в мире исследований. Можно заключить, что задействованные SSR-маркеры могут быть использованы в дальнейших работах, направленных на анализ генетического разнообразия исследуемой культуры. На основе данных, полученных при SSR-генотипирования, была проведена кластеризации сортов абрикоса обыкновенного с целью определения родственных групп сортов. В качестве способа, позволяющего осуществить кластерный анализ, был использован метод присоединения соседей (NJ). Кластеризация образцов, проведенная в работе, позволила выявить промежуточное положение дагестанских сортов относительно сортов различного эколого-географического происхождения. Для подтверждения полученных результатов дополнительно был использован метод главных координат PCoA, позволяющий на координатной плоскости отразить степень генетического родства образцов. Выявленные с помощью PCoA закономерности распределения образцов на графике координат в целом соответствовали данным кластеризации методом присоединения соседей (NJ). Проведенное исследование позволило оценить эффективность задействованных в работе SSR-маркеров для генотипирования сортов абрикоса обыкновенного и получить сведения о генетическом родстве местных дагестанских сортов с сортами из других эколого-географических групп.