Вариабельность генома отечественных сортов картофеля: данные AFLP-анализа | Genome variability of Russian potato cultivars: AFLP-analysis data

Английский. AFLP is one of the popular methods for detecting genomic polymorphism and genotyping plant accessions, cultivars and lines. In the present work, the nuclear genome variability of 60 potato cultivars and five perspective clones was evaluated using the multilocus AFLP analysis. With primer combinations E35/M40 and E41/M35, 218 AFLP fragments were detected, 189 (86.7%) of which were polymorphic and 19 were unique for individual cultivars. Each of the 65 analyzed accessions was characterized by a specific AFLP spectrum. The genetic distances between the analyzed accessions varied widely from 0.37 to 0.77 with an average value of GD = 0.61. The species Solanum stoloniferum, used as an outgroup genotype, was most similar to the cv. Fioletovyi (GD = 0.59), and the greatest difference was to the cv. Aurora (GD = 0.80). Statistical analysis of the obtained AFLP data resulted in statistically insignificant clustering. On dendrograms constructed using the PAST and Structure v. 2.3.4 software, there was a tendency toward clustering (with low bootstrap support) of cultivars from the Lorch Potato Research Institute, and accessions with resistance to late blight, cyst nematode or PVY, as well as with yellow-coloured tuber peel. The high polymorphism level of the analyzed cultivars, the lack of their clear clustering and their "unstable" position at the dendrograms may be due to the current intensive exchange of breeding material, as well as to the increasing popularity of using wild potatoes in the potato breeding programs.

Русский. AFLP (amplified fragment length polymorphism) - один из популярных методов детекции геномного полиморфизма и генотипирования образцов, сортов и линий растений. В представленном исследовании с использованием мультилокусного AFLP-маркирования проведен анализ вариабельности ядерного генома у 60 сортов и 5 перспективных селекционных клонов картофеля. С помощью праймерных комбинаций Е35/М40 и Е41/М35 было детектировано 218 AFLP-фрагментов, 189 (86,7%) из которых оказались полиморфными и 19 - уникальными для некоторых сортов. Каждый из 65 анализируемых образцов картофеля был охарактеризован специфичным AFLP-спектром. Значения генетических расстояний между анализируемыми сортами варьировали от 0,37 до 0,77 при среднем значении GD = 0,61. Вид Solanum stoloniferum, используемый в качестве образца внешней группы, имел наибольшее сходство с cортом Фиолетовый (GD = 0,59), а наибольшее различие - с сортом Аврора (GD = 0,80). Был проведен статистический анализ результатов AFLP-маркирования и показано отсутствие статистически достоверной кластеризации. На дендрограммах, построенных с помощью программ PAST и Structure v. 2.3.4, наблюдалась тенденция кластеризации (с низкой бутстрэп-поддержкой) сортов селекции Всероссийского НИИ картофельного хозяйства им. А.Г. Лорха, сортов с устойчивостью к фитофторозу, нематоде или Y вирусу картофеля (PVY), а также сортов с желтой окраской кожуры клубней. Высокая степень общего полиморфизма анализируемой выборки сортов, отсутствие четкой кластеризации и "нестабильное" положение образцов могут быть связаны с тем, что идет интенсивный обмен селекционным материалом, а также с возрастающей популярностью использования генофонда дикорастущего картофеля в селекции.