Molecular characterization of watermelon cultivars using microsatellite markers

Английский. Allelic patterns and genetic similarity among 17 watermelon cultivars were established using microsatellite markers. For visualization of the genetic similarity, the dendrogram UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means) was generated by the similarity matrix of the Jacquard coefficient, based on 34 alleles of ten microsatellite loci. Total DNA was extracted by the CTAB 2x method and PCR (Polymerase Chain Reaction) products were analyzed in denaturing polyacrylamide 6% gels, stained with silver nitrate. The number of base pairs was estimated by the method of inverse mobility, based on known size product regression. Similarity ranged from 34 to 100%, reflecting high genetic variability. Analyzed loci were not enough to distinguish all 17 watermelon cultivars. The pairs 'Sugar Baby' and 'Omaru Yamato', 'Charleston Gray' and 'Sunshade', 'Crimson Sweet' and 'Nova Crimson' presented 100% of similarity. In dendrogram two groups were observed at 0.42 similarity cut point, with Citrullus colocynthis, positioned as an out group. One watermelon group was formed predominantly by cultivars derived from 'Crimson' and another group was formed by cultivars of different types such as 'Sugar Baby', 'Charleston Gray' and 'Pérola'. Allele pattern and base pair (bp) estimates for the 34 alleles in the 10 microsatellite loci revealed in the present study are a first endeavor to use microsatellite markers in situations of cultivar protection for the watermelon agribusiness in Brazil. They can also be used in situations of commercial disputes regarding certification of the main watermelon cultivars used in the country.

португальский. Foram estabelecidos padrões alélicos e distâncias genéticas para 17 cultivares de melancia utilizando marcadores microssatélites. Para a visualização da similaridade genética, utilizou-se o dendrograma UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) gerado da matriz de distâncias do coeficiente de Jaccard, com base em 34 alelos de dez locos microssatélites. O DNA total foi extraído pelo método de CTAB 2x e os produtos de PCR (Polymerase Chain Reaction) foram analisados em géis de poliacrilamida desnaturante 6% e corados com nitrato de prata. O número de pares de bases foi estimado pelo método da mobilidade inversa, com base na regressão de produtos de tamanho conhecido. A similaridade variou de 34 a 100%, o que reflete a alta variabilidade genética das cultivares analisadas. Os locos analisados não foram suficientes para distinguir todas as 17 cultivares de melancia, e os pares 'Sugar Baby' e 'Omaru Yamato', 'Charleston Gray' e 'Sunshade', 'Crimson Sweet' e 'Nova Crimson' apresentaram 100% de similaridade. No dendrograma foram observados dois grupos entre as cultivares, no ponto de corte 0,42, com Citrullus colocynthis, posicionado fora desses grupos. Um grupo de melancia foi formado predominantemente por cultivares resultantes de 'Crimson' e outro grupo foi formado pelas cultivares de diferentes tipos, tais como 'Sugar Baby', 'Charleston Gray' e 'Pérola'. O padrão alélico e as estimativas em pares de base (pb) para os 34 alelos nos 10 locos microssatélites revelados no presente estudo são um primeiro esforço para usar marcadores microssatélites em situações de proteção de cultivares para o agronegócio da melancia no Brasil, podendo também ser utilizado em situações de disputas comerciais referentes à certificação ou não das principais cultivares de melancia usadas no país.