Sélection génomique en ovins laitiers en France : principaux résultats et conséquences pour la mise en place de schémas de sélection génomique

The selection of French dairy sheep breeds is presently based on annual progeny-testing of 440, 50, 30 30, and150 AI rams, respectively in Lacaune (LL), Basco-Bearnaise (BB), Corse, black-faced Manech (BFM), and redfaced Manech (RFM) breeds. Since 2010 we have been studying the feasibility of genomic selection (GS) in the above breeds. The main results are the following: (1) the size of the reference populations reached in 2013 4841 (LL), 509 (BB), 331 (BFM), 1424 (RFM) AI rams; (2) since the accuracies of different genomic evaluation methods were shown to be similar, the single step GBLUP method was chosen; (3) a gain in accuracy of genomic predictions over parent average ranged from 0.10 to 0.20, depending on the trait and breed; (4) a gain in accuracy was more limited than in large breeds like dairy cattle, in agreement with a larger effective population size in French dairy sheep breeds. The design of a genomic breeding scheme in dairy sheep is comparable to hybrid schemes implemented in small Scandinavian dairy cattle populations, which combine an initial genomic selection with a moderate phenotype selection at the arrival of the first proofs. With a genomic selection pressure between 1/3 and ¼ in 3 month-old rams, the annual genetic gain will be increased by 10 to 15 % with a reduction of the AI livestock in the range of 20-40 %, hardly balancing genotyping costs. A genomic experiment carried out in AI LL rams born in 2011 and 2012 validated such a GS pressure around 1/3. Finally, the breeding organizations decided to move towards genomic selection in 2015 in Lacaune and in a near future in Pyrenean breeds, expecting a greater flexibility from the genomic scheme. SG therefore leads to major changes in terms of selection of dairy sheep in France with upcoming changes in technical, economic and organizational aspects.

La sélection des brebis laitières en France est fondée actuellement sur le testage sur descendance de 440, 50, 30,30 et 150 béliers d’IA par an, respectivement en races Lacaune lait (LL), Basco-Béarnaise (BB), Corse, Manechtête noire (MTN) et Manech tête rousse (MTR). Depuis 2010 nous avons conduit des programmes de recherchedéveloppementsur la faisabilité de la sélection génomique (SG) en ovins laitiers en France. Les principauxrésultats sont les suivants: (1) les populations de référence atteignent en 2013 un nombre de béliers d’IA de4841 LL, 509 BB, 361 MTN, et 1425 MTR; (2) étant donné que la précision des index génomiques varie peu avecles méthodes testées, la méthode GBLUP en une seule étape (ssGBLUP) a été retenue; (3) le gain de précisiondes prédictions génomiques par rapport au choix sur ascendance est compris entre 0.10 et 0.20 point, selon lecaractère et la race considérés; (4) le gain de précision génomique est plus limité que celui constaté pour lesgrandes races bovines laitières, en accord avec des effectifs génétiques plus importants en ovins laitiers.Les schémas de sélection génomique conçus en ovins laitiers sont comparables aux schémas hybrides des petites races bovines scandinaves, qui combinent sélection génomique précoce et sélection phénotypique modérée à l’arrivée des index sur descendance. Avec une pression de sélection génomique comprise entre 1/3 et ¼ pour les jeunes béliers, le gain génétique annuel est accru de 10 % à 15 %, avec une réduction du cheptel de béliers d’IA de 20 à 40 % permettant de compenser les coûts de génotypage. Une expérimentation de sélection génomique en race LL a permis de valider les pressions de sélection minimales à réaliser pour de tels schémas hybrides. Les organisations de sélection ont décidé de basculer en sélection génomique en 2015 en race LL et dans un futur proche en races ovines laitières des Pyrénées (ROLP), misant sur une meilleure flexibilité des schémas de sélection génomique. La SG débouche donc sur des modifications majeures des modalités de sélection des ovins laitiers en France, dont nous évoquons les évolutions techniques, économiques et organisationnelles.