Sequencing and GO annotation of transcriptome of the cell and tissue in vitro culture of Rumex acetosa | Секвенирование и GO аннотация транскриптома культуры клеток и тканей Rumex acetosa in vitro

Английский. The paper presents sequencing data, de novo assemblies and a functional annotation of transcriptome of the callus culture of Rumex acetosa L. The callus culture was maintained for twelve months in the presence of benzyladenine and naphthylacetic acid. The cDNA library was prepared using the adapter ligation method according to the standard protocol of the sequencer manufacturer. In the work, the “shotgun” technique was not used, since only the spectrum of the expression genes was required. In total it was obtained 74067 reads with a total 25,110,194 bp nucleotides. 10169 contigs were obtained in the resulting assembly with a medium length of 339 bp. Based on the sequence homology of total contigs in the category of biological processes for transcriptome callus, “cell metabolism”, “nitrogen metabolism”, “biosynthetic processes” and “metabolic processes of organic substances” dominated. In the category of molecular function, “transferase activity”, “heterocyclic compounds binding activity” and “binding the ions” dominated. In the category of the cellular component, the “macromolecular complex”, “organelles”, “cell”, “membrane” dominated. In comparison with the control transcriptome, the result obtained by us was distinguished by a reduced variety of GO subcategories. Variations in the expression of gene groups may proof epigenetic variation, which we have identified by GO annotations and transcriptome analysis. The mRNA pool is less diverse in callus lines, which, apparently, is associated with reduced specialization and dedifferentiation of cells. For the mRNA pool of R. acetosa cell culture, a high content of transcripts of retroelements, such as Copia and Gypsy, was noted. Similar results indicate a possible stress response of in vitro culture of cells and tissues of R. acetosa and high genome variability.

Русский. В работе представлены данные секвенирования, de novo сборки и функциональная аннотация транскриптома каллусной культуры Rumexacetosa . Каллусную культуру поддерживали в течение двенадцати месяцев в присутствии бензиладенина и нафтилуксусной кислоты. Библиотеку кДНК готовили с использованием метода лигирования адаптеров по стандартному протоколу производителя секвенатора. В работе не использовали технику «shotgun», так как требовался только спектр экспрессирующих генов. Всего было получено 74067 прочтений с общим содержанием нуклеотидов 25110194 п.о. В результате сборки было получено 10169 контиг cо средней длиной 339 п.о. На основе гомологии последовательностей из общего количества контиг в категории «биологические процессы» доминировали для транскриптома каллуса: «процессы клеточного метаболизма», «процессы метаболизма азота», «биосинтетические процессы» и «процессы метаболизма органических субстанций». В категории «молекулярные функции» доминировали: «трансферазная активность», «активность связывания гетероцикличных соединений» и «активность связывания ионов». В категории «клеточный компонент» доминировали: «макромолекулярный комплекс», «органеллы», «клетка», «мембрана». По сравнению с контрольным транскриптомом полученный нами результат отличался сниженным разнообразием GO подкатегорий. Вариации в экспрессии групп генов могут являться доказательством эпигенетической изменчивости, выявленными нами в результате анализа транскриптома и GO аннотации. Пул мРНК менее разнообразен в каллусных линиях, что, видимо, связано со снижением специализации и дедифференцировкой клеток. Для пула мРНК культуры клеток R. acetosa было отмечено высокое содержание транскриптов ретроэлементов, таких как Copia и Gypsy. Подобные результаты свидетельствуют о возможном стрессовом ответе культур invitro клеток и тканей R. acetosa и высокой изменчивости генома.