Search for single nucleotide polymorphisms associated with exterior traits of lambs based on whole genome genotyping data | Поиск однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с экстерьерными показателями у ягнят, на основе данных полно-геномного генотипирования

Английский. The aim of the study is to search for genomic variants associated with body measurements of lambs at the age of 6 days (at birth) and 42 days. Lambs (n=94) are backcrosses from a crossbred population created on the basis of Karachaev rams and Romanov ewes crossings. Lambs were kept on the experimental farm of L.K. Ernst Federal Research Center in the Moscow region (Dubrovitsy settlement). Genotyping of experimental sheep was performed using high-density DNA chip Ovine Infinium(™) HD SNP BeadChip (Illumina, Inc., USA). Ten body measurements (withers height, back height, sacrum height, chest depth, chest girth, chest width, hip width, pastern girth, body length and oblique body length) were recorded at the age of 6 days and 42 days by using a measuring tape and a pelvis measuring instrument. The search for genomic associations with conformation parameters was performed based on regression analysis implemented in PLINK 1.90 software. Annotation was performed using the Ensembl 109 genomic online browser. Significant SNPs associated with ten body measurements of lambs at the age of 6 days were found on the second, third, fourth, sixth, sixteenth, twenty-first, and twenty-second chromosomes. Significant SNPs associated with body measurements of lambs at the age of 42 days were identified on the fourth, sixth, thirteenth, fifteenth, sixteenth and twenty-first chromosomes. Based on functional annotation results, we identified candidate genes associated with body measurements of sheep and other farm animals, as well as those involved in the regulation of the development of muscle and bone tissue.

Русский. Цель исследований - поиск геномных вариантов, оказывающих влияние на размеры туловища ягнят в возрасте 6 дней (при рождении) и 42 дней. Исследовали особей (n=94) возвратных кроссов из кроссбредной популяции, созданной на основе скрещивания баранов карачаевской породы и овцематок романовской породы. Генотипирование экспериментальных овец проводили с использованием ДНК-чипа высокой плотности Ovine Infinium(™) HD SNP BeadChip ("Illumina, Inc.", США). Десять промеров туловища (высота в холке, высота в спине, высота в крестце, глубина груди, обхват груди, ширина груди за лопатками, ширина в маклоках, обхват пясти, длина туловища и косая длина туловища) фиксировали в возрасте 6 и 42 дней рулеткой бонитировщика и тазомером. Поиск геномных ассоциаций с экстерьерными показателями выполняли на основе регрессионного анализа, реализованного в программе PLINK 1.90. Аннотация была проведена с помощью геномного онлайн браузера Ensembl 109. Значимые SNP, ассоциированные с десятью промерами туловища ягнят в возрасте 6 дней, обнаружены на второй, третьей, четвертой, шестой, шестнадцатой, двадцать первой и двадцать третьей хромосомах. Достоверные ассоциации SNP с промерами туловища ягнят в возрасте 42 дней отмечены на четвертой, шестой, тринадцатой, пятнадцатой, шестнадцатой и двадцать первой хромосомах. В результате функциональной аннотации выявлены гены-кандидаты, ассоциированные с размерами туловища овец и других видов с.-х. животных, а также вовлеченные в процессы регуляции развития мышечной и костной ткани.