Perturbation and resilience of the gut microbiome up to 3 months after β-lactams exposure in healthy volunteers suggest an important role of microbial β-lactamases

D’humières, Camille | Delavy, Margot | Alla, Laurie | Ichou, Farid | Gauliard, Emilie | Ghozlane, Amine | Levenez, Florence | Galleron, Nathalie | Quinquis, Benoit | Pons, Nicolas | Mullaert, Jimmy | Bridier-Nahmias, Antoine | Condamine, Bénédicte | Touchon, Marie | Rainteau, Dominique | Lamazière, Antonin | Lesnik, Philippe | Ponnaiah, Maharajah | Lhomme, Marie | Sertour, Natacha | Devente, Savannah | Docquier, Jean-Denis | Bougnoux, Marie-Elisabeth | Tenaillon, Olivier | Magnan, Mélanie | Ruppé, Etienne | Grall, Nathalie | Duval, Xavier | Ehrlich, Dusko | Mentré, France | Denamur, Erick | Rocha, Eduardo, P C | Le Chatelier, Emmanuelle | Burdet, Charles | Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)) ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord | Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics ; Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité) | Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF) ; Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | MetaGenoPolis (MGP (US 1367)) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN) ; CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA) ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU) | Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB ; Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité) | CIC Hôpital Bichat ; AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine | Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN) ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN) ; CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU) | Università degli Studi di Siena = University of Siena (UNISI) | Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie [Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris] ; Assistance Publique - Hôpitaux de Paris | Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425) ; AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] ; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) | University College of London [London] (UCL) | ANR-16-CE15-0022,PREDIRES,PREDIction de l'émergence de la RESistance bactérienne dans le microbiote intestinal humain lors d'un traitement antibiotique(2016) | ANR-14-IFEC-0004,FunComPath,From fungal commensalism to pathogenicity:dissection of the colonization-to-infection shift of Candida albicans(2014) | ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010) | ANR-11-DPBS-0001,MGP,MetaGenoPolis(2011)