Observatoire national du cycle de vie de l’huître creuse en France. Rapport annuel ECOSCOPA 2021

Occupying a place of first order in the French coastal landscapes, oyster farming is the first contributor of the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tons in recent years. Since 2008, this species has been affected by episodes of massive and recurrent mortalities triggered by the presence of viral infectious agents (Herpes virus OsHV-1 µVar type) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature increase). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses as well as a destabilization of its microbiota. This process leads to a secondary infection by potentially pathogenic opportunistic bacteria that multiply rapidly causing irreversible tissue damage leading to the death of the animal. In parallel and although poorly informed, these mortality phenomena also affect the many wild beds present on the French coast. However, the oyster industry relies on a supply of spat that comes mainly from natural collection, now practiced in several oyster basins. However, in all these sectors, reproduction and recruitment show very variable performances from one year to the next. This crisis context (mortality episodes, recruitment failure, growth variability...) requires the implementation of relevant observation on a national scale allowing to objectively measure through different proxies the general health state of cultivated and wild oyster populations, for the different sensitive phases of their life cycle (reproduction, larval ecology, recruitment, growth, survival). The general objective of the ECOSCOPA network is to perpetuate the current observation devices and to progressively add a series of new physiological and environmental indicators, contributing to a more detailed analysis of the life cycle of this species in relation to climatic and anthropic pressures. This observatory is now part of the context of climate change and proposes to provide objective elements to better anticipate possible future crises. For the year 2021, following the COVID crisis of the previous years, part of the network had to be relaunched following the interruption of nearly two years on the monitoring of mortality and growth of standardized batches. The attached report presents results concerning only the spat age class (as opposed to a follow-up on 3 age classes in classic operation): the follow-up will be complete again in 2023. The other results are complete and concern the monitoring of environmental parameters on the eight sites, a specific experiment on survival according to bathymetry, an exhaustive analysis of the reproductive cycle and oyster recruitment (VELYGER Network) and the cytogenetic monitoring of wild spat. As far as the processing of environmental data is concerned, a particular work has been carried out, because, with now more than ten years of monitoring on some sites, it becomes possible to start observing the effect of climate change on a local scale with the temperature increase.  The main results obtained during this 2021 campaign indicate that, in terms of environmental factors, this year is in line with the general trend of global warming, but in a more moderate way than previous years. At the network sites, 2021 is in line with recent years with an average thermal anomaly +0.5°C above normal, which is mainly the result of a strong anomaly in winter: seawater temperatures were above normal, but late in the summer. In terms of phytoplankton inputs, phytoplankton concentrations were rather within normal range. The spawning and egg-laying phases took place at a "normal" period, neither early nor late, in a relatively synchronous manner allowing a supply of larvae within the normal range, with the exception of the Bourgneuf Bay site, for which the concentrations of young larvae were low. Taking into account the rather variable temperatures, which were just within the norms in the different basins, the subsequent collection was relatively heterogeneous according to the sectors, very good on certain sites, and practically null on others. Spat mortality observed for 2021 is very low for the first time (except for the sites in the Bay of Veys and Marennes-Oleron) and the national average is below 50%: this is partly linked to the absence of mortality observed on our spat oysters monitored in Marseillan (Thau lagoon).

Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 µVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général réseau ECOSCOPA est donc de pérenniser les dispositifs d’observation actuels, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Cet observatoire s'inscrit ainsi aujourd’hui dans le contexte du changement climatique et propose de fournir des éléments objectifs permettant de mieux anticiper les éventuelles crises à venir. Pour l'année 2021, suite à la crise COVID des années précédentes, une partie du réseau a dû être relancée suite à l’interruption de près de deux ans sur les suivis de mortalité et de croissance de lots standardisés. Le rapport ci-joint présente des résultats ne concernant que la classe d’âge naissain (contrairement à un suivi sur 3 classes d’âge en fonctionnent classique) : les suivis seront de nouveau complets en 2023. Les autres résultats sont complets et concernent les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier, une expérimentation spécifique sur la survie en fonction de la bathymétrie, une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Réseau VELYGER) et les suivis cytogénétiques du naissain sauvage. En ce qui concerne le traitement des données environnementales, un travail particulier a été réalisé, car, avec désormais plus de dix années de suivi sur certains sites, il devient possible de commencer à observer l’effet du changement climatique à une échelle locale avec l’augmentation de température.  Les principaux résultats obtenus au cours de cette campagne 2021 indiquent que, sur le plan des facteurs environnementaux, cette année s'inscrit dans la tendance générale du réchauffement climatique, mais de façon plus modérée que les années précédentes. Au niveau des sites du réseau, 2021 s’inscrit dans la continuité des dernières années avec une anomalie thermique moyenne supérieure de +0.5°C par rapport à la normale, qui résulte surtout d'une forte anomalie dès l'hiver : les températures de l’eau de mer ont dépassé les normales, mais tardivement dans l’été. En termes d’apports phytoplanctoniques, les concentrations en phytoplancton étaient plutôt dans les normales. Les phases de reproduction et de pontes ont eu lieu à une période « normale », ni précoce, ni tardive, de façon relativement synchrone permettant un apport de larves dans les normales, à l’exception du site de la baie de Bourgneuf, pour lequel les concentrations en jeunes larves ont été faibles. Compte tenu des températures assez variables et tout juste dans les normes dans les différents bassins, le captage qui a suivi a été relativement hétérogène selon les secteurs, très bons sur certains sites, quasiment nul sur d'autres. Les mortalités de naissain observées pour 2021 sont pour la première fois très faibles (à l’exception des sites de la baie de Veys et de Marennes-Oléron) et la moyenne nationale passe en dessous des 50% : cela est en partie lié à l’absence de mortalités observées sur le lot NSI suivi à Marseillan.