Life in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.

Andres, Jérémy | Arsène-Ploetze, Florence | Barbe, Valérie | Brochier-Armanet, Céline | Cleiss-Arnold, Jessica | Coppée, Jean-Yves | Dillies, Marie-Agnès | Geist, Lucie | Joublin, Aurélie | Koechler, Sandrine | Lassalle, Florent | Marchal, Marie | Médigue, Claudine | Muller, Daniel | Nesme, Xavier | Plewniak, Frédéric | Proux, Caroline | Ramírez-Bahena, Martha Helena | Schenowitz, Chantal | Sismeiro, Odile | Vallenet, David | Santini, Joanne M | Bertin, Philippe N | Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM) ; Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) | Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive [LBBE] (BPGE) ; Département PEGASE [LBBE] (PEGASE) ; Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Transcriptome et Epigénome (PF2) ; Institut Pasteur [Paris] (IP) | Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Génomique métabolique (UMR 8030) ; Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE) ; Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Institute of Structural and Molecular Biology ; University College of London [London] (UCL) | This work was supported by the Universite ́ de Strasbourg (UdS), the Consortium National de Recherche en Ge ́ nomique (CNRG), the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Australian Research Council (DP034305), the French Ministe ' re de l'Enseignement Supe ́ rieuretdela Recherche to J.A. and J.C.-A., the Direction Ge ́ ne ́ rale de l'Armement to L.G., a studentship from the Agence NationaledelaRecherche(ANR)COBIASproject(PRECODD 2007) to M.M., and the Ecole Normale Supe ́ rieure (ENS) of Lyon to F.L. The authors thank Mathieu Erhardt for the TEM observations and Ashleigh Clarke for her work on arsenic re- sistance in strain NT-26. This work was done in part in the frame of the Groupement de Recherche--Me ́ tabolisme de l'Arsenic chez les Microorganismes (GDR2909-CNRS) ( http:// gdr2909.alsace.cnrs.fr/ , last accessed April 30, 2013). | MicroScope Platform