Comparing 16S rDNA amplicon sequencing and hybridization capture for pea aphid microbiota diversity analysis
Cariou, Marie | Ribière, Céline | Morliere, Stéphanie | Gauthier, Jean-Pierre | Simon, Jean-Christophe | Peyret, Pierre | Charlat, Sylvain | Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites [LBBE] ; Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG) ; Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) | Université de Namur [Namur] (UNamur) | Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]) | Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST | CapSymbArt, Centre National de la Recherche Scientifique
International audience
Показать больше [+] Меньше [-]Английский. Objective: Targeted sequencing of 16S rDNA amplicons is routinely used for microbial community profiling but this method suffers several limitations such as bias affinity of universal primers and short read size. Gene capture by hybridization represents a promising alternative. Here we used a metagenomic extract from the pea aphid Acyrthosi- phon pisum to compare the performances of two widely used PCR primer pairs with DNA capture, based on solution hybrid selection.Results: All methods produced an exhaustive description of the 8 bacterial taxa known to be present in this sam‐ ple. In addition, the methods yielded similar quantitative results, with the number of reads strongly correlating with quantitative PCR controls. Both methods can thus be considered as qualitatively and quantitatively robust on such a sample with low microbial complexity.
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Эту запись предоставил Institut national de la recherche agronomique