Data acquisition workflows in liquid chromatography coupled to high resolution mass spectrometry-based metabolomics: Where do we stand?
Fenaille, François | Barbier Saint Hilaire, Pierre | Rousseau, Kathleen | Junot, Christophe | Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) ; Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Université Paris Saclay (COmUE) | MetaboHUB | MetaboHUB-IDF ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Laboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé (LI-MS) ; Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) ; Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS) ; Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Institut des Sciences du Vivant Frédéric JOLIOT (JOLIOT) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-IDF ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE) | Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) | CEA; French Ministry of Research and National Research Agency as part of the French metabolomics and fluxomics infrastructure (MetaboHUB) [ANR-11-INBS-0010] | ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011)
National audience
Показать больше [+] Меньше [-]Английский. Typical mass spectrometry (MS) based untargeted metabolomics protocols are tedious as well as time and sample-consuming. In particular, they often rely on "full-scan-only" analyses using liquid chromatography (LC) coupled to high resolution mass spectrometry (HRMS) from which metabolites of interest are first highlighted, and then tentatively identified by using targeted MS/MS experiments. However, this situation is evolving with the emergence of integrated HRMS based-data acquisition protocols able to perform multi-event acquisitions. Most of these protocols, referring to as data dependent and data independent acquisition (DDA and DIA, respectively), have been initially developed for proteomic applications and have recently demonstrated their applicability to biomedical studies. In this context, the aim of this article is to take stock of the progress made in the field of DDA- and DIA-based protocols, and evaluate their ability to change conventional metabolomic and lipidomic data acquisition workflows, through a review of HRMS instrumentation, DDA and DIA workflows, and also associated informatics tools.
Показать больше [+] Меньше [-]Ключевые слова АГРОВОК
Библиографическая информация
Эту запись предоставил Institut national de la recherche agronomique