Unexpected microbial diversity in new Caledonia’s ultramafic ecosystems with conservation implications in a biodiversity hotspot
Ripoll, Julie | Stenger, Pierre-Louis | Nuñez, Nicolas Fernandez | Demenois, Julien | Stokes, Alexia | Gourmelon, Véronique | Dinh, Kelly | Robert, Nadia | Drouin, Julien | Mournet, Pierre | Léopold, Audrey | Read, Jennifer | Gardes, Monique | Maggia, Laurent | Carriconde, Fabian | Institut Agronomique Néo-Calédonien (IAC) | Équipe Sol et végétation (IAC | SOLVEG) ; Institut Agronomique Néo-Calédonien (IAC) | Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (LIRMM | MAB) ; Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM) ; Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université de Montpellier Paul-Valéry (UMPV)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université de Montpellier Paul-Valéry (UMPV) | Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI) ; Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM) | Agroécologie et intensification durables des cultures annuelles (UPR AIDA) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Occitanie])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Montpellier (UM) | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM) | Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad) | Monash University [Melbourne] | Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) ; Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Université de Toulouse (EPE UT) ; Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse) | Institut de sciences exactes et appliquées (ISEA) ; Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC) | This work has been founded by the Société Le Nickel (SLN-Eramet Group) (Convention IAC-SLN Research Collaboration N°DE2013-041) and the CNRT “Nickel & son Environnement” (agreement CSF N°1PS2013-CNRT.IAC/BIOINDIC). Fundings were granted to FC.
Data availability: DNA librairies: the Illumina MiSeq sequences are available under the following NCBI accession numbers: SAMN05786746 to SAMN05786777 for Rivière Blanche and Kopéto; SUB9939738, SUB9957890, SUB9966585, SUB9965709 and SUB9966666 for Goro; SAMN31953029 to SAMN31953058 and SAMN31953148 to SAMN31953177 for Maré; SRR30291378 to SRR30291403 for Bois du Sud and Tiébaghi.
Показать больше [+] Меньше [-]International audience
Показать больше [+] Меньше [-]Английский. Soils harbour an incredible diversity of microorganisms that play crucial roles in ecosystem functioning. However, this biodiversity remains largely overlooked, with a poor understanding of how patterns form across landscapes. An eDNA metabarcoding approach was used to identify potential overarching patterns in fungal and bacterial communities from ultramafic ecosystems in New Caledonia, a renowned biodiversity hotspot. Our comprehensive analysis revealed several key findings, notably an important microbial diversity in the extreme environments of iron crust soils. Clear tendencies in phyla composition were also observed, with the fungal groups Ascomycota and Mucoromycota acting as potential indicators of land degradation (only in lateritic soils for Mucoromycota). For bacteria, Chloroflexi was characteristic of open vegetation, while Proteobacteria and Cyanobacteria were observed in higher relative abundances in the closed vegetation. The ectomycorrhizal fungal functional group was also found to be rich and unique, with a hypothetical endemism rate of 87%, and over-represented by the Cortinarius genus in rainforests and maquis (shrublands) dominated by ectomycorrhizal plants. Finally, each ultramafic Massif demonstrated a unique microbial community. Thus, our findings provide valuable insights into microbial ecology and emphasize the need for tailored conservation strategies for this biodiversity hotspot.
Показать больше [+] Меньше [-]Ключевые слова АГРОВОК
Библиографическая информация
Эту запись предоставил Institut national de la recherche agronomique