COMPARATIVE EVALUATION OF DNA ISOLATION METHODS IN CATTLE SNP GENOTYPING | ІРІ ҚАРА МАЛДЫҢ SNP ГЕНОТИПТЕУ КЕЗІНДЕ ДНҚ ОҚШАУЛАУ ӘДІСТЕРІН САЛЫСТЫРМАЛЫ БАҒАЛАУ | СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА МЕТОДОВ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК ПРИ SNP ГЕНОТИПИРОВАНИИ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА

Английский. The article presents the results of a comparison of isolation methods during SNP genotyping of cattle. Successful genotyping depends on obtaining DNA from samples in sufficient quantity and quality to carry out molecular reactions. Three methods of nucleic acid extraction were used in the work. The method of isolation using a commercial PureLink Genomic DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific, USA) showed the highest degree of yield and purity of nucleic acids. When DNA was isolated from the hair follicles of cattle with the PureLink Genomic DNA Mini Kit, the average DNA concentration in the samples was 151.78 ng/ml, DNA extraction with the DNA-sorb-B kit was 21.51 ng/ml and the phenol-chloroform method corresponded to 175.08 ng/ml. The extracted animal DNA was later used for genotyping by the SNP method. Most of the evaluated extraction methods allowed amplification of a significant amount of DNA. The results of genotyping in samples isolated using PureLink Genomic DNA Mini Kit compared to other samples showed 100% amplification of products. Of the methods tested in this study, extraction with this set was the most effective in terms of further DNA detection.

казахский. Мақалада ірі қара малдың генотипін SNP жүргізу кезінде оқшаулау әдістерін салыстыру нәтижелері келтірілген. Генотиптеуді сәтті жүргізу үшін жеткілікті мөлшерде және сапалы ДНҚ-ны бөліп алуға байланысты. Бұл зерттеуде нуклеин қышқылдарын бөліп алу үш әдісі қолданылды. Коммерциялық Purelink Genomic DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific, USA) көмегімен бөліп алынған нуклеин қышқылдарының өнімділігі мен тазалығының сапасы ең жоғары болды. PureLink Genomic DNA Mini Kit жиынтығымен ірі қара малдың түк фолликулаларынан ДНҚ оқшауланған кезде үлгілердегі ДНҚ-ның орташа концентрациясы 151,78 нг / мкл құрады, ДНҚ-сорб-В жиынтығымен 21,51 нг/мкл құрады және фенол-хлороформ әдісі 175,08 нг / мкл құрады. Бөліп алынған ДНҚ кейіннен SNP генотиптеу жүргізу үшін қолданылды. Қалған әдістермен салыстырғанда PureLink Genomic DNA Mini Kit көмегімен оқшауланған үлгілер генотиптеу нәтижелері 100% амплификациясын көрсетті. Осы зерттеуде сылыстырған әдістердің ішінен осы жиынтықпен ДНҚ-ны экстракциялау және одан әрі анықтау үшін ең тиімді болды.

Русский. В статье представлены результаты сравнения методов выделения при проведении SNP генотипирования крупного рогатого скота (КРС). Успешное проведение генотипирования зависит от получения ДНК из образцов в достаточном количестве и качестве для проведения молекулярных реакций. В работе применялись три метода экстракции нуклеиновых кислот. Методика выделения с использованием коммерческого набора PureLink Genomic DNA Mini Kit (Thermo Fisher Scientific, USA) показала наибольшую степень выхода и чистоты нуклеиновых кислот. При выделении ДНК из волосяных луковиц КРС набором PureLink Genomic DNA Mini Kit средняя концентрация ДНК в образцах составила 151,78 нг/мкл, извлечение ДНК комплектом «ДНК-сорб-В» составила 21,51 нг/мкл и фенол-хлороформный метод соответствовал 175,08 нг/мкл. Экстрагированные ДНК животных в дальнейшем использовали для проведения генотипирования SNP методом. Большинство оцененных методов экстракции позволили амплифицировать значительное количество ДНК. Результаты генотипирования в образцах выделенных с применением PureLink Genomic DNA Mini Kit по сравнению с остальными образцами показали 100 % амплификацию продуктов. Из методов, протестированных в этом исследовании, экстракция данным набором была наиболее эффективной с точки зрения дальнейшего обнаружения ДНК. амплифицировать значительное количество ДНК. Результаты генотипирования в образцах выделенных с применением PureLink Genomic DNA Mini Kit по сравнению с остальными образцами показали 100 % амплификацию продуктов. Из методов, протестированных в этом исследовании, экстракция данным набором была наиболее эффективной с точки зрения дальнейшего обнаружения ДНК