PROTOCOL FOR WIDE-GENOME SEQUENCING AND GENOTYPING OF RABIES VIRUS ISOLATES: rabies; PCR; sequencing; phylogenetic tree; strain; isolate; genotype. | ПРОТОКОЛ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ИЗОЛЯТОВ RABIES VIRUS: бешенство; ПЦР; секвенирование; филогенетическое дерево; штамм; изолят; генотип. | ПРОТОКОЛ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ИЗОЛЯТОВ RABIES VIRUS: бешенство; ПЦР; секвенирование; филогенетическое дерево; штамм; изолят; генотип.

Английский. The purpose of this work is to describe a protocol for whole genome sequencing of clinical samples of Rabies lyssavirus RNA on the Illumina MiSeq platform. Previously, genotyping of the rabies virus circulating in Kazakhstan was based on the nucleoprotein gene sequence (N gene). This paper describes a method for sequencing and genotyping whole genome sequences of local rabies virus isolates. The protocol describes the methods of sample preparation, sequencing and genotyping currently used for epidemiological analysis not only of Rabies lyssavirus, but also for other viral pathogens such as SARS-CoV-2, Influenza and others. As a result, consensus sequences of the genomes of five Rabies lyssavirus isolates selected in the Atyrau region were obtained. Phylogenetic analysis was carried out and genotypes were assigned. All isolates belong to the clade Cosmopolitan CA1. The studied isolates form a single cluster with phylogenetically close isolates from Western Russia: Nizhny Novgorod region, Voronezh region, Lipetsk region, Vladimir region, Samara region.

казахский. Цель данной работы - описание протокола полногеномного секвенирования клинических образцов РНК Rabies lyssavirus на платформе Illumina MiSeq. Ранее, генотипирование вируса бешенства, циркулирующего на территории Казахстана, проводилось на основе последовательности гена нуклеопротеина (N ген). В данной работе описывается способ секвенирования и генотипирования полногеномных последовательностей местных изолятов вируса бешенства. В протоколе описываются методы пробоподготовки, секвенирования и генотипирования применяемые в настоящее время для эпидемиологического анализа не только Rabies lyssavirus, но и для других вирусных возбудителей, таких как SARS-CoV-2, Influenza и других. В итоге, были получены консенсусные последовательности геномов 5 изолятов Rabies lyssavirus отобранных в Атырауской области. Проведён филогенетический анализ и присвоены генотипы. Все изоляты принадлежат кладе – Cosmopolitan CA1. Исследуемые изоляты формируют единый кластер с филогенетически близкими изолятами из Западной России: Нижегородской области, Воронежской области, Липетской области, Владимирской области, Самарской области.

Русский. Цель данной работы - описание протокола полногеномного секвенирования клинических образцов РНК Rabies lyssavirus на платформе Illumina MiSeq. Ранее, генотипирование вируса бешенства, циркулирующего на территории Казахстана, проводилось на основе последовательности гена нуклеопротеина (N ген). В данной работе описывается способ секвенирования и генотипирования полногеномных последовательностей местных изолятов вируса бешенства. В протоколе описываются методы пробоподготовки, секвенирования и генотипирования применяемые в настоящее время для эпидемиологического анализа не только Rabies lyssavirus, но и для других вирусных возбудителей, таких как SARS-CoV-2, Influenza и других. В итоге, были получены консенсусные последовательности геномов 5 изолятов Rabies lyssavirus отобранных в Атырауской области. Проведён филогенетический анализ и присвоены генотипы. Все изоляты принадлежат кладе – Cosmopolitan CA1. Исследуемые изоляты формируют единый кластер с филогенетически близкими изолятами из Западной России: Нижегородской области, Воронежской области, Липетской области, Владимирской области, Самарской области.